ORCA MP2与耦合簇实操
固定水分子,比较MP2、RI-MP2、CCSD(T)与冻结核,提取实际相关能。
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下载完整输入、25个实际计算输出与绘图脚本,解压后进入资料包目录:
bash analyze.sh
已有结果重画在 reference/figures,CSV与完整数值在 reference/analysis。想重新计算,在新解压目录执行:
sbatch submit.slurm
重新计算写入 work,随后自动提取与画图。此小体系模板分配P100主机1个CPU核心和1个GPU配额,ORCA只用CPU,GPU不参与计算;计费按所选GPU分区规则。常规生产请用 yskit 复制CPU模板,并使 %pal 与实际分配匹配;资源状态以门户为准。ORCA6.1.1使用官方CPU预编译发行包,配套OpenMPI4.1.8由GNU13.3编译;本例串行单线程、每进程 %maxcore 500 MB,不能据此判断多核效率。分析使用ASE3.29.0环境中的Python、NumPy/SciPy与Matplotlib。
1 先固定结构与基组,再比较相关方法#
本例使用同一水分子结构和def2-SVP基组。HF提供参考行列式;MP2、CCSD和CCSD(T)分别加入不同层次的电子相关。这里比较计算操作和能量分项,不把有限小基组的绝对能量当作实验精度。
在已分配的计算资源中,新建目录并运行一个MP2输入:
mkdir water-mp2
cd water-mp2
cat > case.inp <<'EOF'
! MP2 def2-SVP VeryTightSCF FrozenCore NoRI
%pal nprocs 1 end
%maxcore 500
* xyz 0 1
O 0.0000000000 0.0000000000 0.1192620000
H 0.0000000000 0.7632390000 -0.4770470000
H 0.0000000000 -0.7632390000 -0.4770470000
*
EOF
module purge
module load orca/6.1.1
export OMP_NUM_THREADS=1 OPENBLAS_NUM_THREADS=1 MKL_NUM_THREADS=1
"$ORCA_ROOT/orca" case.inp > case.out
* xyz 0 1 是中性单重态,坐标单位Å。FrozenCore 冻结O的1s两电子,水分子共10电子,本例实际相关8电子。VeryTightSCF 控制参考SCF;耦合簇还需要单独检查振幅迭代。
2 RI-MP2、CCSD与CCSD(T)怎么改#
分别在独立目录复制输入,并将第一行换成对应行,其余坐标和资源设置相同:
! RI-MP2 def2-SVP/C def2-SVP VeryTightSCF FrozenCore NoRI
! CCSD def2-SVP VeryTightSCF FrozenCore NoRI
! CCSD(T) def2-SVP VeryTightSCF FrozenCore NoRI
上面是三个不同任务,不能将三行同时放入同一输入。RI-MP2的 /C 是相关拟合辅助基组;这里的 NoRI 保持参考SCF不使用RI近似,并未取消显式请求的RI-MP2相关步骤,输出实际包含 RI-MP2 CORRELATION ENERGY。CCSD与CCSD(T)采用相同冻结核和参考处理。
grep -E 'SCF CONVERGED|Coupled-Cluster iterations|MP2 CORRELATION ENERGY|E\(0\)|E\(CORR\)|Triples Correction|FINAL SINGLE POINT ENERGY|T1 diagnostic' case.out
除了正常结束,还要看到相应的SCF与CC迭代收敛。MP2最终能量等于HF参考加二阶相关能;CCSD(T)还要加入三重激发修正。不要把某一中间相关能直接当总能量。
3 实际得到的水分子数据#
| 方法 | 总能量 / Eh |
|---|---|
| HF | -75.960165777293 |
| MP2,冻结核 | -76.162098200910 |
| RI-MP2,冻结核 | -76.162014308090 |
| CCSD,冻结核 | -76.171706150486 |
| CCSD(T),冻结核 | -76.174741407124 |
| MP2,全电子相关 | -76.164531236839 |

RI-MP2和常规MP2存在拟合近似差别,不能宣称完全相等。全电子MP2把首行的 FrozenCore 改成 NoFrozenCore,本例相关10电子;能量降低约66.21 meV。此变化同时说明“冻结核”是一项模型选择。def2-SVP并非专门收敛核相关的基组,不能将这个数字作为通用核相关修正。
4 自动整理你重跑的结果#
回到资料包根目录:
bash analyze.sh work
head work/analysis/energies.csv
只处理随包参考数据则省略 work。analyze.py 读取原始分项、电子数、收敛标记和T1诊断,extract.py 输出CSV;图由真实数据生成。下一步可读 DLPNO近似控制 与 活性空间和键拉伸。
关键词和方法选项参见 ORCA耦合簇手册。本教程只展示固定水分子的有限基组相关能,不包含反应能基组外推、开壳层、F12或全部MP2/CC扩展分支。