Phonopy-Spectroscopy 命令与数据格式
覆盖本地三个入口，说明YAML/HDF、CSV、位移模式、线宽接口与XYZ建模。
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本地提供三个可执行入口。下面分别对应本组真正运行过的例子，完整帮助随下载包保存在 command-help/。
下载完整光谱实例包。在新目录解压后操作；包内包含真实输入、已有DFT响应、25个操作条件、原生输出、数据来源说明和绘图脚本。
1. 三个入口#
| 命令 | 功能 | 实际例子 |
|---|---|---|
| phonopy-ir | 由Born电荷与模式计算红外 | ZnS YAML/HDF、单位和展宽；石英温度线宽 |
| phonopy-raman | 位移生成、介电响应读取、非共振后处理 | Si正负位移、活动量；石英40个真实DFT输出 |
| xyz2poscar | 分子XYZ转带真空POSCAR | 水几何的普通与立方盒 |
module load phonopy-spectroscopy/2024.03.08-g316fbf4
phonopy-ir -h
phonopy-raman -h
xyz2poscar -h
这个固定源码提交没有可通用使用的 --version选项，版本用模块名和源码标识记录。
2. Raman三种位移约定#
| --step-type | --amplitude的含义 | 本例 |
|---|---|---|
| max_r | 最大原子笛卡尔位移，Å | Si的0.01和0.02 Å |
| delta_q | 质量加权模式坐标，Å√amu | Si结构生成例子 |
| norm_x | 归一化本征位移向量的步长 | 石英默认0.01 |
bash prepare.sh
bash run.sh si-deltaQ
这个条件只生成位移结构，用于查看模式坐标的意义；没有将它自动对应到另一种幅度的DFT响应。Raman默认去掉声学模，--bands "4 5 6"采用从1开始的序号。
3. 模式文件与CSV#
mesh.yaml或HDF5必须包含Γ点本征向量。HDF5例子提供匹配结构与质量；缺少本征向量时先重新导出，不能用只有频率的表格补空。
bash run.sh zns-ir-hdf
bash run.sh zns-ir-csv
峰表有不可约表示时会增加文字列，不能始终把第2列当强度。偏振CSV通过配套入口整理为角度和实际Mode4/5/6列，详细含义见偏振操作。
4. XYZ转换#
bash run.sh xyz-water-box
bash run.sh xyz-water-cubic
底层命令：
xyz2poscar water.xyz --padding 15 -o POSCAR
xyz2poscar water.xyz --padding 15 --cubic -o POSCAR.cubic
转换保留元素组成和分子内距离，普通盒按分子各方向跨度加真空，--cubic使用立方盒。本例水坐标只用于格式演示，没有据此生成优化结构或振动性质。
5. 小型后处理线程#
export OMP_NUM_THREADS=1
export OPENBLAS_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1
工具不提供MPI或GPU光谱后端，不使用 mpirun同时启动多份程序向同一目录写结果。大型前置DFT和声子任务仍分别申请资源。
6. 使用本例明确的兼容组合#
频率单位使用THz/cm⁻¹/meV；原生仪器卷积采用分辨率1；Phono3py原始HWHM先转换成单独的FWHM接口文件；偏振使用包内 polarized_raman.py。Born电荷、模式、DFT响应及线宽成套保存，配套源码和数值解释保持一致。
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