symfc 位移与真实力标签
实际生成Si16/54/128位移结构，用GPUMD求力并保持独立训练、验证和测试。
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拟合前先固定参考结构、原子顺序、长度与力的单位。结构文件里的原子数相同，不代表力与位移顺序一定相同。
下载完整Si实例包，解压到自己的工作目录。包内保留123个真实静态力条件、独立训练/验证/测试划分、14个拟合条件、原生导出文件与绘图脚本。
1. 本例结构与数据数量#
Si金刚石原胞2原子、晶格常数5.43 Å，按原胞重复得到：
| 超胞 | 原子数 | 训练 | 验证 | 测试 | 平衡结构 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2×2×2 | 16 | 48 | 8 | 8 | 1 |
| 3×3×3 | 54 | 24 | 4 | 4 | 1 |
| 4×4×4 | 128 | 16 | 4 | 4 | 1 |
共123个实际静态条件。原胞重复数不能误当成常规8原子晶胞的重复数。
2. 重建位移结构#
/public/toolkit/miniconda3/envs/ase-3.29.0/bin/python \
make_structures.py structures-new
这个已运行过的入口生成3份结构NPZ和 CASES.json，不自动覆盖当前计算输入。结构生成的核心为：
from ase.build import bulk
cell = bulk('Si', 'diamond', a=5.43).repeat((2, 2, 2))
脚本对每个结构生成固定种子的随机位移，去除整体平移，再按所有笛卡尔分量的RMS缩放。训练位移RMS交替为0.005、0.02、0.05 Å；验证和测试为0.03 Å，使用不同种子。RMS不等于每个原子的最大位移。
如果改动结构或位移文件，应重新计算对应的力，不能继续复用旧标签。
3. 对位移结构求力#
实例包已经提供结构NPZ与 potential.txt。在获得P100资源后：
bash static-all.sh
实际GPUMD run.in：
potential potential.txt
time_step 0
ensemble nve
dump_xyz 1 snapshot.xyz precision double mass force potential
run 1
time_step 0保持结构，snapshot.xyz导出力和能量。位移结构仍是周期体系；程序可能把坐标包回晶胞，所以应按晶格平移等价检查位置，不应把合法的周期包裹误判为结构移动。
程序只使用任务环境分配的GPU。默认无GPU列表时选单个设备；Slurm任务应保留调度器给出的设备环境，不把主机全部GPU写进自己的任务。
4. 收集数据#
static-all.sh末尾自动执行：
/public/toolkit/miniconda3/envs/ase-3.29.0/bin/python \
collect_labels.py work labels
输出 labels/Si16-labels.npz、Si54-labels.npz、Si128-labels.npz。位移为Å，原子力为eV/Å。对每份力先减平均漂移，再减去同样处理的平衡结构残余力。平衡结构只是参照，不作为一份额外随机训练样本。
数组形状为 displacements=(构型数,原子数,3)，forces同形；还保留原始力、能量、参考晶胞、原子编号与数据划分。训练只用 splits == 'train'，验证/测试不参加拟合。