BoltzTraP2 读取DFT格式
展示八类加载器的真实文件读取,区分本集群数据、上游例子及磁性和环境限制。
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读取器先识别DFT格式,再统一成原胞、k点、能量、电子数和占据权重。能读入文件,不等于这套数据已经适合任意物性或磁对称性计算。
下载完整BoltzTraP2实例包。包内有已有集群Si与石墨烯DFT数据、明确标注来源的上游格式例子、32个操作条件、原始输出、独立提取与绘图脚本,不含POTCAR。
1. 运行格式例子#
bash formats.sh
cat format-check/RESULTS.json
cat format-gpaw/RESULTS.json
这里实际读取13套数据,覆盖当前8类加载器。VASP的Si与石墨烯是本集群已有DFT;其他是原上游公开的格式示例,来源和SHA在 UPSTREAM-DATA-SOURCES.json,不称为本集群新计算的DFT。
2. 文件和路径#
| 格式 | 本包实际输入 | 关键点 |
|---|---|---|
| VASP | Si、graphene的vasprun.xml等 | 均匀网格、完整XML和正确最终结构 |
| Wien2k | Li.energy、Li.scf、Li.struct | 同一个体系的相互匹配文件 |
| GENE | Li.energy、Li.structure | 上游提供的真实VASP数据格式转换例子 |
| CASTEP | Si.bands、Si.castep等,含三种自旋布局 | 格式读取与特定SOC物性研究分开解释 |
| ABINIT | Si的GSR NetCDF | 需要相应NetCDF读取依赖 |
| FHI-aims | MnS2的本征值和结构 | 该上游例缺后SCF磁矩,本页仅演示字段读取 |
| Quantum ESPRESSO | Si、Fe共线、CrI3反铁磁XML | XML所在那一层目录、MP网格及自旋字段 |
| GPAW | Fe的原上游gpw | 使用已有GPAW兼容模块读取 |
3. QE的目录层级#
配套例子的XML位于 upstream-data/Si.ESPRESSO/out/。传给读取器的是这一层,而不是只包含 out子目录的上层目录。
ls upstream-data/Si.ESPRESSO/out
自己的QE结果也应提供当前加载器可识别的完整XML,并检查均匀Monkhorst–Pack网格。不能把任意格式的XML或高对称路径直接当作输运输入。
4. GPAW入口#
bash format-gpaw.sh
这一格式需要GPAW读取能力,默认BoltzTraP2独立环境本身未安装GPAW。配套脚本在当前工作目录建立只读程序入口,使用已安装的GPAW26.7.0与匹配运行库,不向共享环境安装或覆盖文件。此GPAW构建需要支持AVX-512的CPU。
5. 磁性数据不要忽略磁矩#
磁矩会影响对称性约化。FHI-aims上游MnS2格式例缺少可靠后SCF磁矩,因此只用于读取字段,不用它生成磁性材料输运结论。自己的磁性体系应提供可靠磁矩并核对对称性,而不是把缺失磁矩直接当成零。
检查输出的电子数、dosweight、自旋布局、能带数、k点数、体积和能量参照,再进行插值。不同DFT程序之间的读入例子,不是精度、泛函或性能的横向比较。
原生三维费米面操作#
三维费米面教程补充局部VTK9.5.2、原生fermisurface入口、8个Si三维条件、5张真实图和可复跑网格包。默认共享环境仍不安装VTK,按教程在当前目录添加独立依赖即可;三维mu是Ha而二维默认eV,带隙空网格、有限线性三角面误差和原生多平面裁剪边界分别说明。原有数据与默认环境说明保留。