SPPARKS 薄膜沉积

下载SPPARKS实操包。包内含78个真实计算条件、原始输入/轨迹/统计、独立提取脚本和11张结构与数据图。每篇建议从新的解压目录开始；已经完整计算过的目录不要再次执行同名条件，以免混入旧结果。

1. 模型与输入#

本例把官方薄膜输入缩小为1920个三角晶格站点，保留原势垒表。底部初始占据，上方state=3区域用于避免周期边界把上边界误当作沉积表面。

seed 60001
app_style diffusion nonlinear hop
dimension 2
lattice tri 2.42
region box block 0 40 0 24 -0.5 0.5
create_box box
create_sites box
set site value 1
region bottom block INF INF INF 1.0 INF INF
set site value 2 region bottom
region top block INF INF 22.9 INF INF INF
set site value 3 region top
solve_style tree
sector no
deposition event 0.000000002 0 -1 0 1.0 1 5
temperature 0.0216
diag_style energy
diag_style diffusion
diag_style propensity
stats 1.0e10
dump 1 text 1.0e10 dump.sites
barrier		hop * 0 2000.
barrier		hop * 1 1000.
barrier		hop 1 1 0.45
barrier		hop 1 2 0.05
barrier		hop 1 3 0.025
barrier		hop 1 4 0.01
barrier		hop 1 5 0.005
barrier		hop 2 2 0.45
barrier		hop 2 3 0.38
barrier		hop 2 4 0.31
barrier		hop 2 5 0.005
barrier		hop 3 2 0.910
barrier		hop 3 3 0.850
barrier		hop 3 4 0.710
barrier		hop 3 5 0.200
barrier		hop 4 2 1.340
barrier		hop 4 3 1.210
barrier		hop 4 4 0.960
barrier		hop 4 5 0.480
barrier		hop 5 2 1.400
barrier		hop 5 3 1.020
barrier		hop 5 4 0.930
barrier		hop 5 5 0.760

run 1.0e11

deposition event把入射与迁移一起放入事件驱动KMC，此方式使用单MPI进程。batch是另外的并行沉积方式，不能把这条event输入直接多进程运行。

入射方向0、−1、0朝下；d0是轨迹捕获距离，最后1、5是允许的配位范围。势垒按跳跃前后配位给出。这个例子没有额外设置ecoord能量表，默认能量表为0，形貌竞争主要来自给定势垒和入射事件；不是已经标定的材料势函数。

2. 实际运行#

bash run.sh deposition-T0.0216-s60001
head -n 30 work/deposition-T0.0216-s60001/stdout.log

T=0.0216、0.0432各三种子。示例采用官方参数形式和模型时间；想把它解释为具体材料的温度、秒或nm/s，需要给出能量、长度和尝试频率的标定。

seed=60001的实际末态，空位、占据位和保护边界分别绘制，没有用装饰性表面图替代计算结构。

3. 提取事件与画图#

bash run-all.sh
ls figures/deposition-*.png

两个温度seed=60001、实际时间1e11时：

初始占据均为120，所以末态占据=120+成功沉积。并不是每次入射都能找到符合配位和捕获距离的站点；FailedDep是实际发生但没有加上原子的尝试。

相近的成功沉积数量下，较高模型温度的迁移事件明显更多；三条种子曲线分别保留。 超过百万的 1stHops可能以六位有效数字打印，例如1.04742e6。整数 Naccept 与其他计数合起来可恢复事件平衡；不要把打印舍入造成的几个事件差值误判成丢事件。

相关入口：SPPARKS专题、官方文档、08Oct25源码版本。本专题使用有限小模型解释操作和输出，不把这些数字当作已收敛材料参数。