thirdorder专题

thirdorder 命令与数据格式

归纳实际VASP接口、文件流向、单位、脚本入口和更换材料时需要重做的环节。

更新于 2026-10-30约 3 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

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本页把实际运行的VASP流程按“输入—命令—输出”整理，便于查找。Quantum ESPRESSO和CASTEP是另有后端的安装入口，不能把本专题的VASP输出当成它们的计算结果。

下载完整Si实例包。在新目录解压后操作；包内有真实VASP输入和原始力输出、位移映射、三阶/二阶力常数、ShengBTE结果、CSV和高清图，不含POTCAR。

1. 确认入口#

module purge
module load thirdorder/1.1.4
which thirdorder_vasp.py

原生参数顺序：

thirdorder_vasp.py sow|reap na nb nc cutoff

正数cutoff使用nm；负整数表示按相邻壳层自动选择范围。改变范围后，要让sow与reap使用完全一致的参数。本例实际完成的是0.3和0.4 nm三组VASP设置。

2. 常用操作#

操作	简短入口	输出
生成三组原生位移	`bash prepare.sh`	`workflow/sow/`
原子力映射、reap与二阶联用	`bash reap.sh`	三阶文件、谐波文件、力曲率对照
10个真实热输运条件	`bash transport.sh`	`workflow/transport/`
整套后处理	`bash run-all.sh`	`workflow/`和 `analysis/`
只重画参考结果	`bash analyze.sh`	`analysis-reference/`
分步完成后分析自己的本轮结果	`bash analyze.sh work`	`analysis/`

脚本不覆盖已有同名结果。先完整跑一套或先分步学习即可；再次完整操作换一个解压目录。

在新解压目录执行完整流程：

bash run-all.sh

已有参考只想重新提取和画图时，在另一个新解压目录执行：

bash analyze.sh

3. 文件流向#

原胞POSCAR
  → sow → 3RD.SPOSCAR + 3RD.POSCAR.*
  → 每个固定构型的VASP求力 → vasprun.xml
  → 按sow编号排列的XML清单 → reap
  → FORCE_CONSTANTS_3RD

匹配的谐波正负位移原子力 → Phonopy → FORCE_CONSTANTS_2ND
两种力常数 + CONTROL → ShengBTE → 热导率和模态结果

4. 单位表#

量	单位
thirdorder正数截断输入	nm
POSCAR晶格/位移	Å
VASP原子力	eV/Å
二阶/三阶力常数	eV/Å²、eV/Å³
ShengBTE的lfactor	nm
热导率	W/(m K)
本包累积图的平均自由程	nm

5. 换成自己的材料#

先优化合适的参考结构并选择正确赝势和电子设置；重新sow、逐份固定构型求力，再按新编号收集。自己的结构不能继续使用本包固定Si映射、力文件、二阶常数或CONTROL的元素、原胞和超胞参数。

本包给出的 DFT-CASES.json、DFT-MAP.json和 electronic-settings/属于这套Si实例。使用原生命令处理新体系时，必须重新生成并核对对应清单，而不是只修改某个目录名。

上游来源与方法：thirdorder官方开发入口、ShengBTE、Phonopy。实际本机版本与输入以本专题下载包为准。

需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。