SPPARKS 命令与模型目录
查找当前26个app、求解器、诊断、输出格式及本专题各实际模型的文件流向。
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下载SPPARKS实操包。包内含78个真实计算条件、原始输入/轨迹/统计、独立提取脚本和11张结构与数据图。每篇建议从新的解压目录开始；已经完整计算过的目录不要再次执行同名条件，以免混入旧结果。
1. 查实际安装入口#
module load spparks/08Oct25-8173m
spparks -h
本安装列出26种app、3种求解器、9种诊断和4种dump格式。官方文档可能包含其他可选构建的功能，使用前以自己加载的程序帮助为准。
| 当前app入口（同类合列） | 用途 | 这套实操包与输入要求 |
|---|---|---|
| ising、ising/single | 两态自旋及其更新变体 | Ising基础及single变体 |
| potts、potts/neigh、potts/neighonly | 取向场和邻居候选变体 | 基础Potts及neighonly |
| potts/pin | 钉扎取向场 | 钉扎与应变 |
| potts/strain、potts/strain/pin | 应变与钉扎扩展 | 给定场与组合模型 |
| potts/grad | 温度/迁移率空间梯度 | 温度/迁移率梯度 |
| potts/quaternion | 四元数取向与各向异性 | 四元数实操 |
| potts/weld、potts/weld/jom | 移动焊接热影响区 | 移动焊接 |
| potts/am/bezier、potts/am/path/gen、potts/am/weld、am/ellipsoid | 增材扫描与熔池模型/路径 | 增材扫描、路径生成 |
| diffusion、diffusion/multiphase | 空位跳跃、沉积与多相交换 | 空位、沉积、多相 |
| chemistry、erbium | 均匀化学与专用晶格反应 | 反应网络、Er/H/He |
| membrane | 膜相关离散模型 | 膜与蛋白 |
| phasefield/potts | 相场与取向场耦合 | 相场与晶粒 |
| sinter | 晶粒、空位与烧结尝试 | 本专题展示小模型组织演化，未得到净致密化 |
| sos | solid-on-solid高度模型 | 表面高度 |
| relax | 非晶格位置与局部弛豫 | 离格Monte Carlo |
| test/group | 分组求解器测试模型 | 人工事件网络，不当材料实例 |
基础78条件与新增46条件合起来，已注册26种app都有实际输入与原生输出；对应关系见扩展包 APP-STYLE-COVERAGE.json。每种专用模型的关键字、额外属性和允许求解方式不同，仍须按各篇完整输入及官方app文档准备。
2. 一份输入的常见顺序#
| 步骤 | 命令 | 作用 |
|---|---|---|
| 随机与模型 | seed、app_style | 先确定状态和允许事件 |
| 建立空间 | dimension、lattice、region、create_box、create_sites | 晶格模型才需要；均匀chemistry不使用 |
| 初始条件 | set、read_sites | 初始化站点/额外属性，核对实际设置数量 |
| 动力学 | temperature、barrier、ecoord或add_reaction | 按模型定义能量、倾向和单位 |
| 推进方式 | solve_style或sweep、sector | KMC/rKMC和并行区域 |
| 输出 | diag_style、stats、dump | 指定统计与真实结构 |
| 执行 | run | 以模型的时间约定推进 |
3. 本包短命令#
bash run.sh ising-pilot-L16
head -n 12 work/ising-pilot-L16/dump.sites
另一份新解压目录只提取参考：
bash analyze.sh
head -n 8 analysis-reference/case-summary.csv
完整流程则在已经分配的资源里运行 bash run-all.sh，或使用 sbatch run.slurm。同名结果受到保护，需要重算时换新目录。
4. 输出与辅助工具#
| 文件/入口 | 读取方法 |
|---|---|
| stdout/log.spparks | 查看实际Time、事件计数和模型诊断，CPU列不是模型时间 |
| dump.sites | 站点ID、状态、坐标；第一行输出序号和实际时间分开 |
| dump text / sites / vtk / image | 当前程序均列出；本例实际使用text，再提取和绘图 |
| analysis/case-summary.csv | 终止时间、种子、进程数和条件索引 |
| analysis/SERIES.json | 原始统计列及从真实帧导出的观测量 |
| analysis/SPATIAL.json | 本例实际初/末构型与坐标 |
| analyze.py、plot_results.py | 独立提取、周期晶粒识别、轨迹展开、反应主方程与出图 |
直接打开 in.mc 查看每个模型的真实输入，再根据文件内容修改。没有为当前app提供所需状态、速率或几何时，不能只换app_style名称就当作完成新模型。
相关入口：SPPARKS专题、官方文档、08Oct25源码版本。本专题使用有限小模型解释操作和输出，不把这些数字当作已收敛材料参数。
更多原生模型的实操入口#
下载扩展模型包，含46个原生条件、16张实际图与完整输入/提取命令。与基础78条件合起来，已注册26个app都有实际输入和输出示例；这只表示逐app教学范围，不表示所有参数分支、材料与长时收敛均已覆盖。
- 钉扎、应变与自旋变体
- 多相守恒交换
- 膜与蛋白区域
- 相场与浓度
- 四元数取向
- 温度/迁移率梯度
- 表面高度
- 离格Monte Carlo
- Er/H/He反应扩散
- 增材熔池扫描
- 移动焊接
- 扫描路径生成
- 人工事件网络
特殊模型使用可选 module load spparks/08Oct25-appfix-8173m。原默认保留；appfix只修正两个构造入口与默认32位站点ID条件，不改变相场能量或四元数随机初态约定。帮助 spparks -h 在08Oct25打印后返回1，独立交互查看即可，勿用其返回值判断计算是否成功。