Gibbs2 命令与模型参考
按当前1.0.68入口查主要命令、25项数据操作、CLI选项及实际可用范围。
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下载Gibbs2实操包。解压后进入包目录；完整输入、原始数据、提取脚本与高清图随包提供。本专题使用1.0.68固定源码版本、GNU Fortran13.3构建的双精度串行CPU入口，配套Python/Matplotlib与Gnuplot处理结果。每个流程从新的目录开始。
1. 主输入命令#
| 命令 | 用途与本例 |
|---|---|
| ROOT、TITLE | 输出前缀、标题 |
| NAT / VFREE、MM | 每单位原子数和质量 |
| NELECTRONS | AP2所需总电子数；与PHASE的nelec不同 |
| PRESSURE、TEMPERATURE | 单值、区间或显式列表；温度-1在本例为298.15 K |
| VOLUME | 在静态表追加给定体积数据 |
| PHASE | 一条E(V)、对应振动与额外属性 |
| ACTIVATE | 对输入状态进行选择；不消除物理虚频 |
| PRINTFREQ / PRINTFREQS | 输出实际频率/DOS信息 |
| EOUTPUT | 导出静态E(V)到_01.edat等文件 |
| INTERPOLATE | 对PHASE声明的额外属性做V/P/PT映射 |
| SET | 数值与输出选项 |
| END | 结束输入 |
完整基础例：
inputs/Si-diamond-strain-bm3/in.ing的运行输入：
root result
mm 28.0855
nat 1
pressure 0 2 20
temperature 0
set notrans
phase Si file ../../data/Si-diamond.dat units volume ang3 energy ev tmodel static fit strain bm 3
end
2. PHASE选项#
FILE/PREFIX指数据位置，UNITS指定单位，U/USING映射列，Z做单位换算；FIT/REG/FIX选择EOS、LSQ/LAD与固定参数；TMODEL选择振动模型，POISSON/FSTEP控制相应输入；EEC/EEC_P/EEC_T声明经验修正，ESHIFT改变能量参考，INTERPOLATE声明额外列。NELEC/ELEC能被读入，但当前电子热分项不用于真实修正。PVDATA在当前入口优先改用配套P→E转换路线。
12类EOS、8类应变与10类温度模型均在专题相应章节有输入；Debye–Grüneisen还包括四个命名形式与显式a/b，Debye–Einstein包括固定/随体积模式，extended包括谐与非谐/Einstein控制。
3. SET与实际数据操作#
默认数值引擎采用SLATEC。PWEIGH_MODE的gibbs1/gibbs2/slatec、MPAR/MPARMIN/NDEL、NEWPTS/FACEXPAND、WRITELEVEL、NOEFIT/NOPLOTDH/NOTRANS、ERROR_BAR别名、PHONFIT、IGNORE_NEG_CUTOFF和NORENORMALIZE均有输入样例；它们对不同输出的作用不能混同为材料模型参数。
language-inputs/set-global-options/in.ing的运行输入：
root result
title Native input language example
mm 56.171
nat 2
pressure 0 5 20
temperature 0
set notrans
set root result
set mpar 6
set mparmin 3
set ndel 1
set newpts 33
set facexpand .1
set writelevel 2
set phonfit spline
set ignore_neg_cutoff 1.e-10
set error_bar
set noplotdh
set noefit
phase model file ../../data/analytic-thermal/plain.dat tmodel static fit strain bm 3
end
bash data-tools.sh
ls language-inputs
cat CAPABILITIES.json
25项可操作例涵盖列重排、Z、固定参数、LSQ/LAD、权重、静态体积行、压力列表、EOUTPUT、声子步长、泊松比、参考温压、能量平移、P(V)转换和卫星属性插值。当前客户流程不调用不可用的GAUSS入口。
4. 原生CLI短/长选项#
| 短写 | 长写 | 作用 |
|---|---|---|
| -q | --quiet | 简化运行信息 |
| -n | --noplot | 低输出级别 |
| -e | --eos | EOS输出级别 |
| -g | --debug | 详细输出级别 |
| -b | --errorbar | 多项式组合相关误差输出 |
| -t | --notrans | 不做相界输出 |
| -d | --noplotdh | 不画相对焓/自由能脚本 |
| -f | --noefit | 不写E(V)拟合明细 |
| -h | --help | 查看帮助 |
短/长写法都有实际调用例。误差输出反映输入拟合组合，不等于真实材料的置信区间。
module load gibbs2/1.0.68
gibbs2 --help
ls cli
旧手册中的顶层FREQG0、DRHOUSE、EINF、PHASE LAUE与TMODEL QHA_ESPRESSO不能直接照搬到此入口。固定Γ光学频率用PHASE内debye_einstein freqg0 文件，声子DOS用QHA并正确声明单位/列；具体使用选择见CAPABILITIES.json。
从原始结果重新提取、画图#
若想先看配套数据，在另一份新解压目录执行：
bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference
它读取 reference/ 原始输出，重新提取表格并生成16张高清图。完整重算时，在新目录运行 bash run-all.sh，最终数据在 analysis/、图片在 figures/。同名结果目录已存在时会受到保护；只算一个条件时，不要调用需要全部条件的整包分析。
相关入口：Gibbs2专题、固定版本源码与手册。以本专题对应的集群版本与输入为准；有限体积、温压和频率网格是操作示例，真实材料计算需要检查相应收敛范围。