Gibbs2 第一次计算

下载Gibbs2实操包。解压后进入包目录；完整输入、原始数据、提取脚本与高清图随包提供。本专题使用1.0.68固定源码版本、GNU Fortran13.3构建的双精度串行CPU入口，配套Python/Matplotlib与Gnuplot处理结果。每个流程从新的目录开始。

1. 输入从什么开始#

本例使用官方inline MgO静态数据；E单位Hartree，V单位bohr³，nat=2表示每个计算单位含Mg和O两个原子，mm=40.3044是同一单位的质量amu。此输入与后文mgo_pbe/mgo.res是不同数据集，不能混用绝对能量。

运行与查看#

在已分配的CPU资源内，从包根目录执行：

module load gibbs2/1.0.68
bash run.sh official-simple-MgO
ls work/official-simple-MgO
tail -n 12 work/official-simple-MgO/stdout.log

程序每次1个串行进程；不需要GPU或mpirun。原始输入、.eos_static、.eos与.efit按条件隔离保存。

inputs/official-simple-MgO/in.ing的运行输入：

# comment
root 001_io
title A simple test (MgO)
mm 40.3044
vfree 2
phase mgo
# some E(V) data
 81.8883583665837   -73.5171659350000
 86.0358791612784   -73.5360133400000
 90.1833999559730   -73.5508544000000
 94.3309207506677   -73.5624133500000
 98.4784415453624   -73.5712754950000
102.6259623400570   -73.5779108750000
106.7734831347517   -73.5826963000000
110.9210039294464   -73.5859397750000
115.0685247241411   -73.5878968050000
119.2160455188357   -73.5887770750000
123.3635663135304   -73.5887555350000
127.5110871082251   -73.5879775400000
131.6586079029198   -73.5865593900000
135.8061286976144   -73.5846083150000
139.9536494923091   -73.5822069800000
144.1011702870038   -73.5794278200000
148.2486910816984   -73.5763274850000
152.3962118763931   -73.5729658900000
156.5437326710878   -73.5693791200000
160.0000000000000   -73.5662512150000
endphase

root决定输出文件前缀，本例为001_io；它不表示Linux的root账户。phase mgo定义一条相的能量曲线，endphase结束内联数据。未显式指定的温压网格由程序生成，因此实际点数和终点要看输出文件。

2. 也可以直接调用原生程序#

这份输入的E(V)是内联的，不依赖额外数据路径。在另一份新目录里：

mkdir my-mgo
cp inputs/official-simple-MgO/in.ing my-mgo/
cd my-mgo
gibbs2 in.ing > stdout.log
head -n 8 001_io.eos_static
head -n 12 001_io.eos

静态表的零压V0=121.1510 bohr³、B0=171.8763 GPa；包含零点振动后的P=0、T=0平衡体积为123.0988 bohr³。两者计算内容不同，不能要求它们相同。.eos最后一个温度是本输入实际自动生成的653.70 K，不是默认固定1000 K。

3. 最后得到什么#

stdout.log说明输入和设置；.eos_static给静态P/E/H/V/B；.eos给P–T平衡性质；.efit保存输入与拟合值；_efit.aux是绘图用密集曲线，.gnu是原生Gnuplot脚本。先核对单位、实际网格和有效数据行，再读物理量。

Gnuplot读取原生MgO .efit和.aux得到的实际拟合图；显示范围包含拟合最低点。

从原始结果重新提取、画图#

若想先看配套数据，在另一份新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它读取 reference/ 原始输出，重新提取表格并生成16张高清图。完整重算时，在新目录运行 bash run-all.sh，最终数据在 analysis/、图片在 figures/。同名结果目录已存在时会受到保护；只算一个条件时，不要调用需要全部条件的整包分析。

相关入口：Gibbs2专题、固定版本源码与手册。以本专题对应的集群版本与输入为准；有限体积、温压和频率网格是操作示例，真实材料计算需要检查相应收敛范围。