Critic2 常用命令与输出参考
按本批实际输入查询读取、参考场、搜索、积分、NCI和导出命令，区分文件与物理含义。
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下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。
1. 终端入口#
module purge
module load critic2/1.4
critic2 -h
程序的常用运行形式为 critic2 input.cri output.cro；也支持 critic2 < input.cri > output.cro。本专题的短命令 bash run.sh 编号负责为每个输入建立独立结果目录，底层仍调用上述程序。
2. 本批实际采用的主要命令#
| 命令 | 做什么 | 对应例子 |
|---|---|---|
MOLECULE / CRYSTAL |
结构与分子/周期性 | 水、NaCl、苯、尿素 |
LOAD MOLDEN / LOAD |
读波函数或网格场 | 三种分子格式与CUBE |
REFERENCE |
决定搜索/分盆的场 | NaCl参考密度 |
INTEGRABLE |
加入待积分的场 | NaCl价密度 |
AUTO |
非核CP搜索 | 分子和周期例子 |
CPREPORT |
JSON、图和路径输出 | cps.json、bonds.xyz |
YT / BADER |
网格盆积分 | 三个NaCl网格 |
MESHTYPE |
分子数值积分网格 | Becke normal/good |
MOLCALC |
分子积分 | Molden水电子数 |
HIRSHFELD |
原子权重分配 | 水单体和二聚体 |
NCIPLOT ... END |
NCI采样与文件 | 水二聚体24³/48³/96³ |
NCI块内本批还实际使用ONAME、CUBE、NSTEP、CUTOFFS、CUTPLOT、NOCHK。更多高级搜索种子、其他积分方法、场运算和结构工具可继续查官方命令表；这里不把列出一个命令当作它的每个参数分支都已有计算实例。
3. 输出文件怎么找#
bash list.sh
ls reference/work
| 文件 | 用途 |
|---|---|
out.cro |
输入回显、设置、文字表 |
cps.json |
CP坐标、类型、密度、梯度/Hessian等 |
bonds.xyz |
原生CP和梯度路径点 |
nci.dat |
NCI散点 |
nci-dens.cube |
100×signed density网格 |
nci-grad.cube |
RDG网格及显示掩码 |
analysis/basins.csv |
两种盆积分的价电子人口/净电荷 |
analysis/hirshfeld.csv |
分子原子权重积分 |
figures/*.png |
结构与数据图 |
4. 先读清楚字段定义#
参考场不一定是待积分的价密度；Pop也不一定能直接减原子序数。分子JSON和CP导出的坐标以其 units 字段为准，本包CP JSON为bohr。显示掩码、核位置的专门约定和有限网格误差，都应与真实电子密度的数值区分。
重新提取配套结果#
先看已有数据时，在新解压目录执行：
bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference
它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。
返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。
密度采样、脚本与结构工具#
以下教程复用同一真实水二聚体波函数和既有NaCl密度，提供23个独立输入与7张实际数据图；不重复进行DFT。
- Critic2 脚本与多标量场
- Critic2 点线平面与三维网格
- Critic2 周期密度与傅里叶网格
- Critic2 结构转换与扩胞
- Critic2 近邻配位与结构指纹
- Critic2 粉末衍射与倒易空间
- Critic2 点电荷晶体静电能
下载脚本与结构工具操作包。命令入口为 bash list.sh、bash run.sh 4、bash analyze.sh 与 bash run-all.sh。周期网格缩减采用配套傅里叶工具，再交Critic2读取；晶体结构转换不产生新的自洽电子密度。这里展示已实际运行的主要命令，其他专用积分、波函数和接口分支仍有各自适用条件。
区域积分与真实LDOS后处理#
- Critic2 Voronoi与等密度区域积分
- Critic2 球积分与采样设置
- Critic2 原生梯度路径与等高线
- Critic2 几何体积与脚本工具
- Critic2 STM：先生成真实LDOS
- Critic2 STM 恒高与恒流图
- Critic2 STM 数据提取与周期展示
Voronoi、阈值区域与有限半径球不等于同一种原子盆定义；固定求积和Monte Carlo分别检查离散/统计误差。STM先从实际电子结构提取偏压能窗LDOS，再画图，不能用全电荷密度代替。HEIGHT采用分数坐标，恒流信号采用高度Å，TOP 0给绝对z；绘图平铺/加密不产生新的电子结构信息。
原子盆、分子结构与谱线实操#
表面细分改变OBJ面片精度，不改变原始密度采样；额外价电子积分在QTREE中显式使用PROP_MODE 3。分子重排与内部几何替换不等同结构优化。XRPD处理已有一维曲线，与POWDER结构计算谱是不同命令，拟合保留初始文件和真实强度偏移。
分子色散、静电势与格式传递#
XDM参数同时匹配泛函和基组，固定几何的二聚体与单体分别处理；分子总密度积分与原子盆积分分别定义。基组依赖的HF/静电势操作使用实际MOLDEN经Multiwfn转换的FCHK，原方法以SCF输入输出为准。表面局部势极大不一定为正，搜索边界最大值也不一定是所选轴向σ-hole；原生n/a不填0。
力常数、声子与振动热力学#
使用真实NEP/symfc拟合的Si16力常数演示原生Critic2读取与单位/原子映射、q路径、移位网格、态密度和谐振F/S/Cv；Phonopy频率YAML与FC2分别使用对应入口。输出每2Si原胞和每1Si化学式单元的归一方式不同；Γ点近似不能代替全布里渊区。CALCULATOR VASP在本例只选择eV/Ų单位，数据来源仍为NEP；正式研究另做收敛与虚频分析。