Critic2 原生梯度路径与等高线

下载本组操作包，解压后进入包目录。包中有17个原生输入、原始结果、表格与6张图；复用已经计算的水二聚体WFX和NaCl价密度，不启动新的DFT。模块为 critic2/1.4。

1. 从一个指定位置跟踪梯度#

bash run.sh 5
head -n 16 work/native-flux/in_flux.cml

molecule ../../data/water.wfx
load ../../data/water.wfx
reference 1
auto
fluxprint
point 0 0.4 0.3 0.2
cml
end

auto先生成参考场的临界点列表。point 0从(0.4,0.3,0.2)Å向两侧跟踪，cml选择可视化输出。本例产生一条密度上升路径和一条密度下降路径；实际CML中包含原子坐标和标记为 Xz 的轨迹采样点。

这两条路径从任意指定点出发，不应直接称为两个原子之间的键路径。需要键临界点和对应原生键路径时，使用临界点与键路径教程中的 cpreport ... graph。

2. 在一个平面输出原生等高线#

bash run.sh 6
head -n 15 work/native-grdvec/water-plane.iso
cat work/native-grdvec/water-plane.gnu

molecule ../../data/water.wfx
load ../../data/water.wfx
reference 1
auto
grdvec
root water-plane
plane -2 -1 0 2 -1 0 -2 2 0
hmax 0.1
contour f 21 21 log 8
end

平面起点为(−2,−1,0)Å，边界到(2,−1,0)Å和(−2,2,0)Å。原生等高线数据中的u、v相对于这个起点，因此画回全局x、y时分别减2、减1。本例21×21采样较粗，折线角点来自实际网格插值。

3. 画出实际输出#

bash analyze.sh
ls figures-reference/native-gradient-contours.png

左图读取实际原生CML轨迹，右图读取实际原生等高线顶点；未手工补画路径。

提取脚本沿原生点序画图，并用独立波函数梯度检查密度升降方向；等高线按原生粗网格插值解释，不将其当作精确连续密度的等值线。原子在二维图上采用投影位置。

4. 换体系和改图的顺序#

先换结构与真实密度文件，确认参考场，再改起点或平面。随后提高平面采样，检查等高线形状是否稳定；若路径离开所关心区域，调整起点和范围。不要仅凭一条好看的曲线判断相互作用强度，也不要将前分子密度图当作新的DFT结果。

提取结果与完整重做#

在新解压目录中先查看配套结果：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

分析依次检查区域积分、原生轨迹/等高线、几何体积和球积分，然后生成6张图。完整重做17个原生条件时，在另一份新解压目录执行：

bash list.sh
bash run-all.sh
ls work analysis figures

每个编号写入自己的 work/名称/。已有结果时使用新的解压目录；不要对只算了一个编号的不完整 work/ 调用整组分析。CPU重算应使用账户分配的计算资源，包内 run.slurm 按CPU分区整节点56核规则准备，实际教学程序单线程，可用 sbatch run.slurm 提交；队列暂不能分配时，先提取随包已有数据。

构建为标签1.4、内部1.4.155，GCC/GFortran13.3、双精度/OpenMP，LAPACK3.12.1、Readline8.2、NLopt2.10.0、Libxc7.0.0及Libcint标签6.1.2。配套脚本使用已有NumPy、SciPy和Matplotlib环境，无需手动安装另一套MPI。

返回Critic2专题。依据：固定版本源码、官方命令参考、官方手册。这些是已运行的主要命令与条件，专用积分、特定波函数和其他接口仍有各自适用范围。