Critic2 第一次计算

下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。

1. 先准备密度#

已有配套密度时可以直接进入第2步。水二聚体的实际ORCA输入如下：

! PBE def2-SVP TightSCF NoSym
%pal nprocs 1 end
%maxcore 1024
* xyz 0 1
O -1.551007000 -0.114520000 0.000000000
H -1.934259000 0.762503000 0.000000000
H -0.599677000 0.040712000 0.000000000
O 1.350625000 0.111469000 0.000000000
H 1.680398000 -0.373741000 -0.758561000
H 1.680398000 -0.373741000 0.758561000
*

它是电荷0、单重态、PBE/def2-SVP的固定几何单点，TightSCF控制电子收敛，nprocs 1与本教学流程的单线程一致。实际运行ORCA后，原生导出命令为：

orca_2mkl case -molden
orca_2aim case

上述命令在有 case.gbw 的计算目录使用，分别得到 case.molden.input 和 case.wfn/case.wfx。包内已提供这些结果；完整上游重算交给 bash run-all.sh 自动完成。

2. 运行一个Critic2例子#

在新解压包的根目录执行：

bash list.sh
bash run.sh 7
ls work/water-dimer-wfx

编号7是水二聚体WFX输入。脚本加载模块并在对应可写目录调用 critic2 in.cri out.cro，避免不同输入互相覆盖。完整Critic2输入为：

molecule ../../data/water-dimer/case.wfx
load ../../data/water-dimer/case.wfx
auto
cpreport cps.json
cpreport bonds.xyz graph

先读结构，再加载波函数作为参考场；auto找非核临界点，cpreport分别导出机器可读JSON和带键路径的XYZ。

3. 看输出，再解释#

grep -n 'critical points' work/water-dimer-wfx/out.cro
head -n 15 work/water-dimer-wfx/bonds.xyz

本例列出6个核位置和5个键临界点，其中4个对应水分子内部O–H区域，另一个位于两分子之间的H3···O4区域。是否存在键路径是密度拓扑信息，不是相互作用能数值。

实际水单体、二聚体密度得到的临界点和原生梯度路径。

4. 最后得到什么#

out.cro用于读参数和文字结果，cps.json适合提取临界点坐标/密度/曲率，bonds.xyz带有原生梯度路径点。需要配套完整图表时按文末命令从参考数据提取；完整重算则自动生成新的9图。

重新提取配套结果#

先看已有数据时，在新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。

返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。