Critic2 NCI 相互作用图

下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。

1. 先选实际电子密度#

本例使用新计算的PBE/def2-SVP水二聚体WFX密度。先确定结构与方法，再选择采样区域、点数、密度阈值和RDG等值面，不把前分子图误标为自洽DFT图。

bash run.sh 19
ls work/water-dimer-nci-s05-96

完整输入：

molecule ../../data/water-dimer/case.wfx
load ../../data/water-dimer/case.wfx
nciplot
 oname nci
 cube -3 -2 -2 3 2 2
 nstep 96 96 96
 cutoffs 0.2 2.0
 cutplot 0.05 0.5
 nochk
end

cube在本分子输入中给出Å单位的实际坐标框；这里是x=−3到3 Å，y/z=−2到2 Å。nstep 96 96 96设置每方向96个采样点。点数增加能改善采样，不能替代密度本身的方法/基组检查。

2. 两组阈值怎样填#

RDG是无量纲的密度梯度指标；横轴 sign(λ2)ρ中的λ2是密度Hessian的中间特征值。负值、接近零、正值可帮助定性区分不同空间区域；颜色不能直接变成相互作用能。

3. 先看散点#

head work/water-dimer-nci-s05-96/nci.dat

实际原生DAT散点，显示窗口取|sign(λ2)ρ|≤0.05，虚线为s=0.5。

DAT第一列可直接按electron/bohr³解释，第二列是RDG。原生 nci-dens.cube则把signed density乘了100；配套脚本读取CUBE时除以100，不能把两种文件直接当成同一数值尺度。

4. 再看三维等值面#

原生RDG采样数据通过实际等值面提取得到的三维图，比较48³和96³。

图中的等值面从原生RDG CUBE提取，颜色在同一网格上插值得到；没有手画相互作用区域。高密度区在原生RDG CUBE中被标为100，这是显示掩码，不是该处真实RDG。

配套 bash analyze.sh会生成三维PNG/SVG和 NCI-MESH-96.npz。程序还生成 nci.vmd；在已安装VMD的电脑上可用 vmd -e nci.vmd查看原生视图。两种绘图方式都需要保留对应CUBE/XYZ文件。采样框、网格和等值面应结合自己的体系检查，单张图不能替代结合能或收敛分析。

官方说明：NCI参数与文件。

重新提取配套结果#

先看已有数据时，在新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。

返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。