Critic2 临界点与键路径

下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。

1. 加载目标密度后搜索#

bash run.sh 7
ls work/water-dimer-wfx/cps.json

实际输入：

molecule ../../data/water-dimer/case.wfx
load ../../data/water-dimer/case.wfx
auto
cpreport cps.json
cpreport bonds.xyz graph

auto搜索当前参考密度的非核临界点。程序也把核位置列入核临界点表；核位置的梯度展示有专门约定，不能把它与非核临界点的数值搜索混为一谈。

2. 怎样读类型#

对本例完整分子，核数−键数+环数−笼数=1；周期晶胞对应0。这个关系有助于检查搜索结果，但不能替代提高搜索种子密度、检查近简并点和实际结构。

3. 提取实际BCP#

python3 - <<'PYCODE'
import json
p='work/water-dimer-wfx/cps.json'
d=json.load(open(p))
for cp in d['critical_points']['nonequivalent_cps']:
    if cp['signature']==-1:
        print(cp['id'], cp['field'], cp['laplacian'])
PYCODE

本例分子间H3···O4的BCP密度约 0.02682492 electron/bohr³，拉普拉斯约 0.08104893 electron/bohr⁵；水分子内部4个BCP的密度约0.351–0.361，拉普拉斯约−2.19到−2.33。它们属于同一PBE/def2-SVP固定几何下的密度特征。

实际BCP的密度与拉普拉斯；分子间点和分子内点的数值差别直接来自原始JSON。

4. 路径和结论的边界#

cpreport bonds.xyz graph导出的是沿密度梯度积分得到的路径点，配套图直接采用这些点。不要拿一条路径或一个BCP密度直接换算吸附能/结合能；能量差应另按一致方法计算。

官方说明：临界点搜索与导出。

重新提取配套结果#

先看已有数据时，在新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。

返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。