Critic2 前分子密度与拓扑

下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。

1. 什么时候用前分子模型#

前分子密度是按结构叠加原子密度表。它适合熟悉搜索流程、初步观察几何关联，但没有电子自洽重排；不能用它替代目标材料的DFT密度去声称电荷转移或精确成键性质。

bash run.sh 9
bash run.sh 10

苯的完整输入：

molecule library benzene
auto
cpreport cps.json
cpreport bonds.xyz graph

尿素晶体的完整输入：

crystal library urea
auto
cpreport cps.json
cpreport bonds.xyz graph

读入结构后，默认0号场就是前分子密度；这两例没有LOAD自洽DFT文件，因此输出应明确标成前分子模型。

2. 看环与周期计数#

grep -n 'critical points' work/benzene-promolecular/out.cro
grep -n 'critical points' work/urea-promolecular/out.cro

实际内置模型：苯的分子环和尿素周期晶胞的完整CP点集。

本例苯有12个核位置、12个键点、1个环点、0个笼点，12−12+1−0=1。尿素完整晶胞为16、22、10、4，16−22+10−4=0。比较周期结果时应使用完整晶胞计数或正确的多重性，不把非等价代表点数量直接相加。

重新提取配套结果#

先看已有数据时，在新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。

返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。