Critic2 密度文件与单位

下载Critic2实操包，解压后进入包目录。每次重算使用一份新的目录；输入、原始结果、数据表和高清图都在包内。模块为 critic2/1.4，本专题按集群实际入口操作。

1. 结构文件和密度文件不是同一件事#

MOLECULE/CRYSTAL定义几何和周期性，LOAD加载待分析的标量场。只有POSCAR、XYZ或CIF时，还没有目标体系的自洽DFT电子密度；不能把自动可用的前分子密度误认为已读入DFT结果。

2. 本集群版本怎样读ORCA Molden#

bash run.sh 1
bash run.sh 3

分别使用Molden与WFX处理同一个水单体。Molden实际输入如下：

molecule ../../data/water-monomer/case.molden.input
load molden ../../data/water-monomer/case.molden.input
auto
cpreport cps.json
meshtype becke good
molcalc

当前1.4入口按 LOAD MOLDEN ... 读取，并从文件标题识别ORCA方言。请保留导出文件中的标题、基组和轨道信息；本专题不采用在文件名后追加 orca 的写法。对于本例，也可直接选择原生WFN/WFX路线。

实际波函数的解析电子数和两种有限积分网格结果；微小积分误差原样保留。

水单体有10电子，二聚体有20电子。对本例Molden、WFN、WFX所得的非核密度与拓扑，配套脚本还利用WFX原始高斯函数作独立提取。该核对脚本只覆盖这两套无ECP的s/p/d示例，不替代通用波函数程序对任意高角动量/EDF的处理。

3. VASP密度转换为CUBE#

已有自己的 CHGCAR、AECCAR0、AECCAR2 时，把它们放在同一个实际计算目录，例如 my-vasp：

bash cubes.sh ./my-vasp
ls my-vasp/critic2-cubes

输出 valence.cube、reference.cube 和来源表。前者来自CHGCAR，后者是AECCAR0+AECCAR2。脚本使用ASE读取VASP数据，再按CUBE单位写出；它不做DFT或补算缺失密度，也不把参考密度强行归一化为理论电子数。

CUBE的坐标/步长使用bohr，密度使用electron/bohr³；将electron/ų转换时要乘bohr长度的三次方。示例脚本保留完整格矢精度，避免小数位不足造成体积和电子积分偏移。

重新提取配套结果#

先看已有数据时，在新解压目录执行：

bash analyze.sh
ls analysis-reference
ls figures-reference

它从 reference/work/ 提取表格并生成9张图，不启动新的DFT。若要从上游水体系开始重算，在另一份新解压目录执行 bash run-all.sh；流程为ORCA计算 → 原生波函数导出 → 真实VASP密度转换 → Critic2 → 表格和图片，结果在 work/、analysis/、figures/。单例只产生对应目录，不要对缺少其他条件的半套结果调用整包分析。

返回Critic2专题。软件依据：固定1.4源码、官方手册。手册面向发展版本，具体写法以本专题对应入口和实际输入为准。

密度采样、脚本与结构工具#

以下教程复用同一真实水二聚体波函数和既有NaCl密度，提供23个独立输入与7张实际数据图；不重复进行DFT。

• Critic2 脚本与多标量场
• Critic2 点线平面与三维网格
• Critic2 周期密度与傅里叶网格
• Critic2 结构转换与扩胞
• Critic2 近邻配位与结构指纹
• Critic2 粉末衍射与倒易空间
• Critic2 点电荷晶体静电能

下载脚本与结构工具操作包。命令入口为 bash list.sh、bash run.sh 4、bash analyze.sh 与 bash run-all.sh。周期网格缩减采用配套傅里叶工具，再交Critic2读取；晶体结构转换不产生新的自洽电子密度。这里展示已实际运行的主要命令，其他专用积分、波函数和接口分支仍有各自适用条件。

分子色散、静电势与格式传递#

• ORCA到Critic2波函数格式实操

XDM参数同时匹配泛函和基组，固定几何的二聚体与单体分别处理；分子总密度积分与原子盆积分分别定义。基组依赖的HF/静电势操作使用实际MOLDEN经Multiwfn转换的FCHK，原方法以SCF输入输出为准。表面局部势极大不一定为正，搜索边界最大值也不一定是所选轴向σ-hole；原生n/a不填0。