Atomsk 完整命令与实例导航

想添加原子、建超胞、做位错、处理多帧或提取密度分布时，可以先按功能查命令，再打开对应输入。本页对应当前安装版本的全部64个mode/option文档入口，连接已有103个原生实操例、新补充的规范命令和明确的辅助流程。

1. 获取实例与按关键词查找#

下载Atomsk命令与原子对应实例包：

unzip atomsk-command-map-wave147-*.zip -d atomsk-examples
cd atomsk-examples

集群模块为 atomsk/0.13.1，实际为beta0.13.1，GFortran13.3、OpenMP、双精度与独立NetlibLAPACK/BLAS3.12.1。辅助流程使用 ase/3.29.0 的Python3.11.16、ASE3.29.0、NumPy2.3.5和SciPy1.17.1。包内脚本使用已分配范围内的1个CPU线程，无需GPU。

python find.py 位错
python find.py 平移
python find.py rdf
bash run.sh list

find.py同时搜索中文功能名、原生命令、实例名称与适用提示。它只查找，不立即修改结构；按输出的实例名或列表编号运行：

bash run.sh option_shift

每个原生例的 examples/实例名/有输入文件，commands.json列实际命令；原有结果在该目录的 reference/。新增规范命令的实际参考结果在 reference/current-work/。先看文件名和物种、晶胞、单位，再把自己的输入换入相应流程。

2. 模式：创建、组合、比较与分析#

模式一般以 --开头。表中列出随包实际执行的命令，不需要一次把所有命令都运行：

3. 选项：几何编辑、选择与属性#

选项通常以单个 -开头，作用在读入或创建的结构上，可以按有意义的顺序组合。先执行一个小操作并检查，再继续下一步：

4. 几个容易混淆的地方#

编号匹配。 当前原生倒序例能运行，但一般乱序与跨周期边界不能只依赖equivalences数量。操作与实际对照见原子编号匹配与周期边界。

bash match.sh 1
bash match.sh 2
bash match.sh 3

插值。 当前原生插值在本例的中间帧与预期不符，随包的ASE脚本明确生成三张中间构型及两个端点。它是几何线性插值，不是NEB或能量最小化。

晶胞名称。 旧 unitcell名称不作为当前运行入口。去掉重复超胞使用 -reduce-cell；需要原胞时看 reduce_primitive中的 p参数，不应把“去重复常规晶胞”与“最小原胞”当成同一件事。

速度列。 方向交换和物理vx/vy列交换分别处理。交换辅助字段时要核对实际数值；随包提供 swap-velocities透明脚本，不把只改标签当成交换了物理列。

随机与空选择。 随机扰动、随机选择和速度样本不要求坐标逐字节相同，应查原子数、范围、组成、质心和温度定义。选区为空时先查看计数，再替换或删除，避免把“未选到”误解为“什么也不操作”。

5. 全部重跑与结果位置#

在已分配的CPU资源、新解压目录中运行：

bash run-all.sh

脚本实际执行106个原生例、6个透明辅助流程，并写出功能回归结果 CHECK-RESULT.json、匹配数值检查 analysis/MATCHING-CHECKS.json和4张新图 figures/。新增3个规范名称例是别名及文件操作，不重复当作新的物理计算。

只读随附的实际匹配数据：

bash analyze.sh
ls figures-reference

这一入口执行31项匹配数学核对并画4图，不重新运行106个原生命令。旧5图保留在 reference/legacy-figures/。三类辅助操作是明确脚本：插值、辅助列交换/质心速度处理，以及一般乱序/周期/属性匹配；不代表原生行为限制已经被修改。

这些是结构、格式和数据操作实例，不是弛豫后材料、真实MD轨迹或收敛物性。官方用法还可查看 $ATOMSK_ROOT/share/doc/atomsk/en/中的当前版本手册，或访问Atomsk官方文档。