Gaussian 工具与文件处理入口
区分主程序、实跑辅助工具、开发支持入口和内部Link,按文件类型选择实际命令。
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1. 先从要处理的文件选择工具#
Gaussian程序目录包含主驱动、辅助工具、编译/开发支持程序和内部Link。**目录中能执行的文件不全是供用户逐个调用的命令。**本页列出本次C.01目录的30个非Link入口;另外85个l数字.exe由Gaussian路线自动调度,不作为85个独立终端功能宣传。
以下工具的实跑命令与原始数值已经分别放在既有教程中。个人Gaussian初始化后先检查路径:
yskit gaussian-init
command -v g16
command -v formchk
command -v cubegen
| 文件或目标 | 使用工具 | 实操教程 |
|---|---|---|
| GJF输入→计算日志与CHK | g16 |
输入/续算 |
| CHK→可读FCHK | formchk |
检查点工具 |
| FCHK→本机二进制CHK | unfchk |
检查点工具 |
| 检查已有CHK | chkchk |
检查点工具 |
| 几何格式转换 | newzmat |
检查点工具 |
| 检查输入路线 | testrt |
检查点工具 |
| FCHK→密度/轨道/势cube | cubegen |
密度与网格、NTO |
| cube组合、比较与向量分量 | cubman |
标量cube、向量cube |
| 已有频率资料→新温压/同位素 | freqchk |
freqchk |
2. 最常用的一条处理链#
在已分配的资源中,用本批水分子PM6例子:
bash compute.sh water-pm6
ls work/water-pm6
脚本已实际调用g16和formchk。要手动看原生文件:
cd work/water-pm6
tail -n 1 output.log
head -n 12 result.fchk
单独转换自己的检查点时:
formchk result.chk result.fchk
chkchk result.chk
本批默认绘图不需要复制CHK/FCHK给网站,也不需要把完整轨道系数上传到公共目录。密度/轨道cube、cubman的交互回答和freqchk的温压步骤按上表专门教程操作;不能把所有FCHK的Total Energy字段都当作目标结果。
3. 其余21个非Link入口#
这些名称确实存在于本次目录,存在不等于本专题提供了一个通用命令行配方。下面逐项保留名称和使用前提,避免把低层接口编造成普通客户的计算命令。
| 入口 | 面向用户的使用范围 |
|---|---|
c8616 |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
copychk |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
demofc |
低层文件/矩阵或专门接口流程;需明确文件格式、记录编号或驱动约定,不能把随机CHK/RWF当作输入试跑。 |
freqmem |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
gau-cpp |
构建/开发支持相关;预编译C.01用户不需要靠它重新编译Gaussian,编译器信息也不能据此猜测。 |
gau-fsplit |
构建/开发支持相关;预编译C.01用户不需要靠它重新编译Gaussian,编译器信息也不能据此猜测。 |
gau-machine |
构建/开发支持相关;预编译C.01用户不需要靠它重新编译Gaussian,编译器信息也不能据此猜测。 |
gauopt |
构建/开发支持相关;预编译C.01用户不需要靠它重新编译Gaussian,编译器信息也不能据此猜测。 |
gauoptl |
构建/开发支持相关;预编译C.01用户不需要靠它重新编译Gaussian,编译器信息也不能据此猜测。 |
gautraj |
轨迹相关专门入口;本专题BOMD/ADMP实际采用日志数值与ASE生成XYZ/TRAJ,不能把这些名称当作通用VASP/LAMMPS轨迹转换器。 |
gdrgen |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
ghelp |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
grate |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
ham506 |
低层文件/矩阵或专门接口流程;需明确文件格式、记录编号或驱动约定,不能把随机CHK/RWF当作输入试跑。 |
mm |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
pluck |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
rdmat |
低层文件/矩阵或专门接口流程;需明确文件格式、记录编号或驱动约定,不能把随机CHK/RWF当作输入试跑。 |
rwfdump |
低层文件/矩阵或专门接口流程;需明确文件格式、记录编号或驱动约定,不能把随机CHK/RWF当作输入试跑。 |
solname |
属于该发行包的辅助/开发支持入口;先查本版本配套说明及所需专用输入,不在普通GJF运行链里直接调用。 |
trajgen |
轨迹相关专门入口;本专题BOMD/ADMP实际采用日志数值与ASE生成XYZ/TRAJ,不能把这些名称当作通用VASP/LAMMPS轨迹转换器。 |
wrmat |
低层文件/矩阵或专门接口流程;需明确文件格式、记录编号或驱动约定,不能把随机CHK/RWF当作输入试跑。 |
4. 常见选择错误#
Guess=Huckel是轨道猜测,Huckel是另一种模型;两者区别见Huckel与ZINDO。formchk只转换数据,不替你完成优化、频率或极点计算。程序内部Link不直接提交;正常路线从g16 < input.gjf > output.log开始。
完整程序与许可由用户自己的授权安装提供,下载资料包只包含自有输入、选定数值和绘图脚本。功能家族索引用于判断计算方法是否符合目标任务。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。