Gaussian 专题

Gaussian Link0资源与文件设置

完整列出20种Link0书写形式，区分共享线程、内存、检查点、scratch及专用并行前提。

更新于 2026-11-05约 4 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

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1. 本批最简单的资源设置#

%nprocshared=1
%mem=1GB
%chk=result.chk
#p RHF/STO-3G SCF=Tight NoSymm

Small actual Gaussian keyword-family example

0 1
H 0.000000000000 0.000000000000 0.000000000000
H 0.000000000000 0.000000000000 0.740000000000

%NProcShared=1请求Gaussian使用1个线程，%Mem=1GB是主机内存，不是显存。二者不会替代Slurm的CPU/内存申请。多个例子各有自己的目录、检查点和scratch，不共用result.chk。

yskit gaussian-init
cat input.gjf

初始化完成后，先按集群提交示例申请资源；在作业内运行：

mkdir -p scratch
export GAUSS_SCRDIR="$PWD/scratch"
g16 < input.gjf > output.log
tail -n 1 output.log
formchk result.chk result.fchk

GAUSS_SCRDIR属于自己的工作目录。不要把不同任务的scratch合并，也不要在仍运行时删除工作文件。

2. 续算时区分新旧检查点#

%OldChk=previous.chk
%Chk=continued.chk
%NProcShared=1
%Mem=1GB
#p RHF/STO-3G Geom=AllCheck Guess=Read

这是从已有匹配检查点读取几何、电荷、多重度和轨道猜测的输入形态，Geom=AllCheck后不再重复标题/坐标段；具体原生续算实例见检查点教程。若改变电荷、多重度、基组或方法，须再按对应读取规则准备，而不是只换文件名。

3. Link0目录的20种书写形式#

包括RWF的单位置与分段两种形式。只列使用目的与前提；没有把所有磁盘控制、Linda、GPU或开发替换选项都当成当前CPU资料包的实跑输入。

形式	用途与前提
`%Mem=N`	主机内存预算；示例1GB。Slurm申请须另留程序与环境开销。
`%Chk=file`	本次检查点；每个独立例子使用自己的目录和result.chk。
`%OldChk=file`	读取旧检查点作为新任务起点；通常再设置新%Chk避免覆盖。
`%SChk=file`	在作业步骤开始时保存检查点副本；常规续算也可用%OldChk配合新的%Chk。
`%RWF=file`	读写工作文件路径；占用可能远大于检查点，只放自己的scratch。
`%RWF=loc1,size1,loc2,size2, …`	RWF分段位置与容量；各路径必须在实际计算节点可写且空间足够。
`%OldMatrix=matfile`	使用已有矩阵资料的专门流程，须有匹配的矩阵格式和生成步骤。
`%OldRawMatrix=matfile`	使用已有原始矩阵资料；不能把CHK/FCHK任意改扩展名代替。
`%Int=spec`	两电子积分临时文件相关设置；遵循该算法的磁盘需求。
`%D2E=spec`	两电子积分导数文件相关设置，仅在对应任务需要时配置。
`%KJob LN [M]`	在指定Link位置终止的专门控制，不是正常续算的通用输入。
`%Save`	保留工作文件会增加磁盘占用；任务后自行清理有价值的个人文件。
`%ErrorSave`	异常时工作文件保留控制，不代表程序能自动恢复或结果有效。
`%Subst LN dir`	替换指定Link程序，涉及开发/专用构建；普通客户不要指向他人的二进制。
`%CPU=proc-list`	进程绑定相关设置，必须落在Slurm分配的CPU集合内；不能据此获得额外核心。
`%NProcShared=N`	共享内存线程数；本批1，与申请的CPU相符。
`%GPUCPU=gpu-list=core-list`	需要支持该路径的程序、方法、GPU与CPU映射；本批CPU例子不证明GPU可用。
`%LindaWorkers=node1[:n1] [,node2[:n2]] …`	需Linda授权/构建、工作节点和调度器匹配，不把能SSH当作可绕过Slurm。
`%UseSSH`	Linda等适用流程的连接选项，不会申请计算资源。
`%DebugLinda`	Linda诊断设置，仅在已有合法分配与正确Linda环境中使用。

4. 输入资源与实际分配保持一致#

echo "$SLURM_JOB_ID"
echo "$SLURM_CPUS_PER_TASK"
echo "$GAUSS_SCRDIR"

这些值在作业环境里检查。调高%NProcShared、绑定CPU或配置Linda工作主机都不能获得超出调度分配的资源。大任务在申请前先估算内存和scratch，完成后保留输入、日志和有需要的个人检查点。

参考：Link0原厂说明。

需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。