ALAMODE 命令与流程：从位移到有限温度性质

ALAMODE 的日常工作主要由 alm 和 anphon 两个程序完成，方法由输入中的 MODE 选择。先确定要算什么，再准备对应输入；不要只换 MODE，却继续使用上一种方法的文件。

module load alamode/1.5.0
which alm anphon

当前环境为 ALAMODE 1.5.0，oneAPI 2024.2、Intel MPI、MKL 顺序库。以下每种主模式都配有本站实际运行的示例、输入、数据和图片；材料模型与具体参数的适用范围见各篇。

ALM：生成位移和拟合#

alm suggest.in > suggest.log
python /public/software/alamode/1.5.0/8173m/tools/displace.py --help
python /public/software/alamode/1.5.0/8173m/tools/extract.py --help
alm fit.in > fit.log

生成位移只是准备结构，还没有得到原子力。接下来要用 VASP、LAMMPS 等计算每个位移结构的力，再按对应格式提取到 DFSET，最后拟合。本站 Si64 示例实际使用经典 SW 势；换成 DFT 时要保持所有结构的电子参数、原子顺序和力精度一致，不能拿示例 SW 的 XML 代替自己材料的力常数。

optimize 下还可选择 LMODEL = ols、enet、adaptive-lasso。OLS 示例见高阶拟合，后两者及独立测试见正则化参数选择；它们是拟合方法，不是 ANPHON 的声子计算模式。

ANPHON：四个主模式怎样接续#

这些方法的启动命令相同，区别在各自的输入文件及物理近似：

anphon input.in > anphon.log
tail -20 anphon.log
ls

正式任务把命令写入 ALAMODE 的 CPU Slurm 模板，在申请到的资源中执行。不要把安装编译选项、材料输入和运行模式混为一谈。

从自己的结构出发的一条完整路线#

1. 准备并优化参考结构，检查单位、晶胞、原子顺序及动力学稳定性。
2. alm suggest.in 生成位移模式，用 displace.py 生成实际超胞结构。
3. 计算各位移结构的原子力，用 extract.py 或教程中的对应转换工具提取。
4. alm fit.in 得到力常数，先检查独立测试结构上的预测误差。
5. 用 PHONONS 检查色散和态密度，再按目标转入 SCPH、RTA 或 QHA。
6. 读取实际输出文件，提取数据和画图，检查网格、位移、截断、温度及采样参数。

谐波热容并不等于包含全部非谐效应的定压热容；RTA 不等于完整迭代 BTE；固定晶胞 SCPH 也不自动包含热膨胀。上述索引帮助选择主流程，各教程保留自己实际使用的近似与数据范围。

常用辅助工具#

上游说明：ALM 输入、ANPHON 输入。