CREST溶剂与非共价复合物：乙醇和水二聚体

“把乙醇放在隐式水溶剂中”和“对两个水分子组成的复合物搜索”是不同任务。本例分别演示，不把它们混称同一种溶剂化方法。

1. 下载、提交与环境#

下载完整实操包：

unzip crest-small-workflows-wave204.zip -d crest-solvent
cd crest-solvent
sbatch job.slurm

CPU分区可用时提交，每组2线程。环境为官方预编译CREST3.0.2、xTB6.7.1，分析使用sisl0.16.4模块内Python。溶液例子采用兼容模式的外部xTB GBSA；水二聚体NCI采用默认tblite GFN2路径。

2. 乙醇GBSA水溶剂#

作业内的核心命令：

crest input.xyz --gfn2 --mquick --mdlen 0.2 --gbsa water --legacy -T 2

water在这里指定连续介质溶剂，输入XYZ仍然只有乙醇，没有额外水分子。保持同一溶剂模型与参数，才能比较同一条件下的构象能量。

当前3.0.2默认内置tblite和外部xTB的溶剂实现可能给出不同能量；本例用--legacy统一搜索与独立单点的GBSA路径。不要把不同实现的细小能量差解释成构象物理差异。

head cases/ethanol-water/crest_conformers.xyz
cat cases/ethanol-water/crest.energies

本例这一轮气相和水溶剂各找到2个构象记录，溶液电子能量跨度约1.38kcal/mol；随机快速搜索的数量会变化，不据此断言溶剂中的全部构象比例。

3. 显式水二聚体NCI#

输入包含两套O/H原子，一共6个原子，起始O–O间距2.8Å。NCI模式针对弱相互作用复合物，使用包络势等特殊采样设置，不能直接当成无限液态水。

crest input.xyz --gfn2 --mquick --mdlen 0.2 --nci -T 2

head cases/water-dimer/crest_conformers.xyz
tail cases/water-dimer/crest.out

本轮保留2条复合物结构记录。应检查分子是否仍完整、相对位置和相对电子能量，不只看程序结束文字。

4. 提取并继续处理#

cat analysis/cases.csv
cat analysis/ENSEMBLES.json
ls independent-sp/ethanol-water
ls independent-sp/water-dimer

输出保留全部三维坐标与原生能量。短偏置搜索既不提供收敛液态结构分布，也不直接给结合自由能、溶解自由能或平衡常数；这些结论需要一致参照、热修正及更充分的采样。官方工作流概览。