qvasp命令索引与日常操作
按任务查找本版本命令、软件联用和作业操作,明确模板、后处理与未启用接口。
阅读本篇目录
本页按任务整理集群qvasp2.26的命令入口。命令能显示在帮助里,不代表任意结构和输出格式都能直接使用;下面把它们连到可实际跟着做的教程。所有新例子采用实际集群数据,另附结构、CSV、图片与练习脚本。
下载本组完整练习资料。在新目录解压后:
module load qvasp/2.26
qvasp -help
bash run.sh
默认复跑执行建模与已有数据的后处理,不提交Slurm作业、不启动VASP生产计算。需要重新计算Ueff时,再单独使用相应教程中的作业脚本。
1 输入模板与基本结构#
| 命令 | 用途与教程 |
|---|---|
-relax -scf -sc -md -freq -ts |
优化、SCF、静态、MD、频率与过渡态模板,见输入准备 |
-elastic -phonon -optics -band -dos -hse -elf -partchg -bader -wk |
各性质的输入起点,同样必须编辑参数与检查结构 |
-pbe 元素… -lda 元素… |
按给定顺序拼接有权使用的势文件,重复元素分组时也要保持顺序 |
-c2p -c2p2 -p2c -findcell -findsym -fix -sw -cp |
格式、晶胞、对称性、固定原子及输入复制,见结构工具 |
-k -3k -kline -kphonon -khse |
常规、间距、高对称线、声子和混合泛函k点,见k点操作 |
模板不是计算结果。首先明确需要原子优化还是晶胞优化、二维体系哪些方向保持、是否需要磁性与特殊泛函,再编辑INCAR、POSCAR和KPOINTS。
2 结果提取与后处理#
| 命令 | 直接操作说明 |
|---|---|
-e |
能量与结构结果,区分sigma→0能量与自由能 |
-bandd -dosd -ldos |
能带、DOS与局域DOS,检查参考能、路径转折和自旋符号 |
-baderd -wkd |
电荷与功函数,Bader和真空参考 |
-phonond -elasticd |
DFPT到声子谱和弹性张量 |
-3dkpoints -3dband |
二维k平面能带 |
-opticsd -scissorb -scissord |
光学与剪刀修正 |
-mde -mdm -rdf -out2arc -gauss |
AIMD能量、磁矩、RDF及轨迹转换,-g为可视化转换别名 |
-zpe -zc |
零点能和虚频位移 |
-ueff -piez |
Ueff响应与压电/介电/弹性提取 |
不要把可视化转换中的占位能量、日期、频率或IR字段当作实际科学结果;有关边界已在对应教程中给出可操作的替代读取方式。
3 几何建模#
| 命令 | 操作入口 |
|---|---|
-orthcell -mos -hej |
正交胞、莫尔与异质结 |
-cls -as -nanotube -redlat |
切面、吸附候选、卷曲与坐标参考系 |
-it -it2 |
端点插点与ARC图像 |
这些工具生成初始结构或格式转换结果,不自动完成结构优化、吸附能或NEB势垒计算。
4 联用VASPKIT和ATOMKIT#
qvasp -vaspkit
qvasp -atomkit
当前分别进入VASPKIT1.3.5与ATOMKIT0.9.0。按它们的菜单继续操作,结束时选择返回/退出。qvasp的部分结构工具也会内部调用VASPKIT;这不代表替用户切换了所有模块版本。已有的个人配置按对应工具的规则读取,不建议反复手动覆盖自己的配置文件。
5 查询、提交与取消自己的作业#
不带参数查看当前普通账号的作业:
qvasp
每个待提交目录先准备可用的 vasp.script,然后:
qvasp -sub calc01 calc02
此接口逐个调用Slurm的sbatch,不会替用户自动选择势文件、GPU数或MPI数。提交前检查脚本所需资源、模块和输入。要取消自己明确知道的作业ID:
qvasp -d 12345
这里12345只是格式示例,请换成自己需要取消的真实ID。不要复制别人的ID,也不要用无范围的取消命令代替。
6 清理命令只在可丢弃副本中使用#
qvasp -clean
当前命令会删除工作目录中许多非可执行文件,通常保留四输入、vdw内核文件、可执行文件和目录;保留匹配还存在文件名后缀行为。它不是归档工具,也不要依赖附加文件名参数一定保留所有重要输出。先备份真实结果,仅在确认可丢弃的个人副本中使用。需要保留的OUTCAR、XML、轨迹和重启文件应单独保存,不能先清理再想起提取数据。
7 旧接口与使用范围#
当前集群未启用 -pw91、旧Raman、SLME、KDB和旧lattice-refine等可选接口;调用会给出未启用提示。不要为了绕过提示自行改共享程序或混装旧Python依赖。需要相应科学性质时,选择已有的VASP性质教程与兼容工具路线。
本页和配套教程覆盖本机帮助中的64个入口,以及包装器提供的实际补充入口、别名和安全作业操作。索引说明的是已安装版本的有限使用范围,不承诺今后版本或所有任意输入格式完全相同。