VASPsol溶剂场输出与绘图
使用CPU生成RHOB和RHOION,解释实际网格、归一化切片与GPU入口限制。
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unzip vaspsol-practical-wave255-*.zip
cd vaspsol-wave255
bash run.sh
bash run.sh读取已完成计算的数值摘录,生成CSV和五张图,不启动VASP。下文再说明怎样准备自己的输入、POTCAR和Slurm任务。
1 准备有屏蔽的水例#
python3 prepare.py density cpu
cat work/density-cpu/INCAR
关键输出设置:
LSOL = .TRUE.
LAMBDA_D_K = 3.0
LRHOB = .TRUE.
LRHOION = .TRUE.
按入门步骤准备POTCAR并提交。当前GPU入口在这两个场输出分支存在设备数据兼容问题,选择CPU完成这一步;只想算普通溶剂能量和力时,可以保持两个输出开关为FALSE再使用相应GPU模块。
只输出离子场的输入也保留:
python3 prepare.py water-ion-density-only cpu
2 检查实际输出#
ls -lh work/density-cpu/RHOB work/density-cpu/RHOION
head -15 work/density-cpu/RHOB
这组CPU结果的网格为128×128×128。文件头带有晶胞和原子信息,后面才是网格数据;不能把整个文件直接用loadtxt读成一个纯三维数组。实际网格大小要从自己的文件读,不能永远写死128。
3 先看真实切片#
bash run.sh
ls figures/VASPsol-native-fields.png

图取实际x=4 Å平面,显示H、O所在的y–z坐标。每个场用自身最大绝对值归一化,颜色条是无量纲的相对数值,不能把两个面板颜色相同理解成绝对场值相同。
本套没有把内部求解器场未经单位核对就标成e/ų,也没有将颜色积分称作“转移了多少电子”。做绝对诱导电荷积分时,应先核对该实现的场定义、归一化和单位,保留完整网格;电子差分密度也不是拿RHOB直接替代CHGCAR差分。
4 开输出与改变模型是两件事#
CPU的场输出例与同输入但不输出场的例子,能量和力保持一致。LRHOB/LRHOION用于保存结果,不能靠“输出更多文件”提高溶剂模型精度。
附件为了便于阅读和复画,保留了本例两张真实选定平面的数值;完整三维场在自己计算后得到。需要新的切片或体积分时,用自己的完整RHOB/RHOION,不用这两个二维平面替代三维数据。
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