AMSET全部命令的实操索引
按安装的0.5.1列出16个入口、13个实际命令,逐项链接输入、计算、转换和原生绘图实例。
阅读本篇目录
本集群AMSET 0.5.1包含16个命令入口,其中amset、amset deform、amset plot负责组织子命令,其余13个是实际操作命令。下面把每个命令与本专题的真实操作例对应起来,方便从需要的结果反查流程。
1. 查询你正在使用的版本#
source /etc/profile
module load amset/0.5.1
amset --help
amset deform --help
amset plot --help
下载包中也提供本安装版本的命令和参数索引:
python - <<'PY'
import json
for row in json.load(open('cli-index.json'))['commands']:
print(row['command'], '(命令组)' if row['group'] else '')
PY
帮助列出参数,并不替代准备真实输入。表中的命令分别使用对应教程的数据;Si输运、MgO声子和形变势提取不是共用一份POSCAR就能互相替换的计算。
2. 十三个实际命令#
| 命令 | 主要输入与得到的结果 | 本专题实际操作例 |
|---|---|---|
amset run |
均匀网格电子结构、材料参数和散射输入 → 输运与散射网格 | Si温度/载流子扫描、GaAs散射机制对照 |
amset wave |
VASP波函数与电子输出 → 波函数重叠HDF5 | Si输入与波函数提取 |
amset deform create |
结构 → 对称性相关的形变结构 | 形变势输入流程 |
amset deform read |
未形变与形变计算目录 → 核心能级对齐的形变势HDF5 | 形变势提取实例 |
amset deform to-soc |
单通道形变势 → 每条带复制两次的兼容文件 | 带数转换及适用范围 |
amset eff-mass |
均匀电子数据 → 电导等效质量 | Si电子/空穴、300/600 K |
amset phonon-frequency |
VASP声子、Born与介电相关输出 → 有效极化声子频率 | MgO、NAC与格式转换 |
amset plot band |
电子结构 → 插值能带图 | Si原生能带绘图 |
amset plot lineshape |
含散射信息的mesh → 谱线形图 | Si ADP谱线形 |
amset plot mobility |
transport JSON → 迁移率曲线 | 原生输运绘图 |
amset plot transport |
transport JSON → 电导、Seebeck等输运图 | 原生输运绘图 |
amset plot rates |
mesh HDF5 → 电子态散射率/时间图 | 散射时间提取与绘图 |
amset plot convergence |
多份transport JSON → 数值参数对照图 | 原生收敛对照绘图、加密网格实例 |
表中每项都有实际输入或输出的操作例。参数的所有取值组合仍需按具体材料判断,例如换成金属、强SOC材料、低对称结构或不同载流子区间时,不能直接沿用Si和MgO的数值设置。
3. 按需要的结果选择路线#
**要计算迁移率、电导或Seebeck:**先看输入,再看散射机制、温度与浓度,最后看输出。
**要准备POP散射参数:**看极化声子,先求电子介电张量、Born有效电荷和声子,再处理NAC并提取频率。不要把声子DOS最大峰或任意一个频率直接当作程序定义的有效频率。
**要检查能带和散射线形:**看原生绘图,分别准备电子数据与mesh,核对能量零点、温度和浓度索引。
4. 简单复现新增实例#
只看已完成数据,不启动VASP:
unzip amset-cli.zip
cd amset-complete-cli-wave269
module load amset/0.5.1
python preview.py
python plot.py
preview.py用真实AMSET接口重新合成包内MgO参考模式的有效频率;plot.py在没有新结果时读取reference/生成四张图。
完整重跑时按Mg、O顺序准备inputs/POTCAR,然后通过CPU分区提交:
sbatch job.slurm
squeue -u "$USER"
完整流程会运行VASP及所有新增操作。已有结果目录会停止,重新运行请另解压一份。涉及VASP的步骤与所需输入详见MgO声子教程。
5. 三个容易混淆的地方#
eff-mass的电导等效质量和单个带边曲率质量含义不同。deform to-soc复制带数,不计算SOC物理。plot convergence只画参数对照,不会自动证明数值已经收敛;已有AMSET加密网格实例仍保留实际变化与收敛边界。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。