VTST脚本准备结构与路径

VTST scripts用于准备和检查结构、生成初始路径及处理输出。加载脚本不会为普通VASP添加VTSTcode功能，也不会自动提交计算。脚本1040采用系统Perl和随包模块，绘图调用gnuplot；无需为Perl脚本重新编译MPI或CUDA版本。

1 准备环境和两个端点#

module load vtstscripts/1040
which nebmake.pl
which modemake.pl

先完成完整工作流。配套分析在work/p100/analysis/interpolation/保存了优化NH₃及其镜像端点initial.vasp、final.vasp。这里利用无外场分子翻转的镜像关系准备输入，不声称已完成一条NEB最小能量路径。

正式研究其他反应时，两个端点应分别优化，晶胞、元素顺序和原子对应关系保持一致；不能只把原子坐标排序后就认为建立了同一反应。

2 线性插值#

先在单独工作副本中操作：

mkdir path-demo
cp work/p100/analysis/interpolation/*.vasp path-demo/
cd path-demo
nebmake.pl initial.vasp final.vasp 5
ls 00 01 02 03 04 05 06

参数5是五个中间图像，加上两个端点共有七个目录，不是总共五个结构。脚本只插值坐标，不做VASP计算、不优化路径，也不自动避免复杂体系里的原子碰撞。

本例N从H平面一侧约0.3873 Å过渡到另一侧，中间图像接近平面。图的纵轴是几何高度，不是能量；不能从这张图读取反应能垒。

3 距离、差分和初始方向#

dist.pl initial.vasp final.vasp
diffcon.pl initial.vasp final.vasp
modemake.pl initial.vasp final.vasp
cat MODECAR

本例两端构型位移向量的总模约0.77468 Å，不是把每个原子的路程直接相加。diffcon.pl逐原子输出最小周期差分，采用“第一个结构减第二个结构”的方向；modemake.pl生成整体归一化MODECAR。对周期扩散体系，还需确认最小镜像对应所研究的跳跃方向。

由两个构型得到的方向只是初猜。dimer仍需实际计算，必要时比较不同初猜；不能把线性方向本身当成已得到过渡态的证据。

4 转换为常见结构格式#

pos2con.pl initial.vasp
con2xyz.pl initial.vasp.con
head initial.vasp.xyz

本版本会生成initial.vasp.con和initial.vasp.xyz。本组对照过四个原子的顺序、元素和坐标；XYZ通常不完整表达周期晶胞，周期计算仍保留原始POSCAR或带晶胞的结构格式。

5 dimer输出与文件副作用#

在自己的dimer结果副本中：

dimplot.pl
head dimer.dat

它读取DIMCAR并生成数据和EPS图。配套流程在analysis/dimer/操作副本，再用Matplotlib生成清晰PNG，原始计算目录中的DIMCAR保持不变。

nebresults.pl是多个NEB后处理的组合，会解压、重新压缩OUTCAR，并生成多种文件；它不是完全只读的查看命令。要保留原始计算结果时，先复制到分析目录。它需要相应的真实NEB输出，本篇插值目录不能直接当作已经完成的NEB结果输入。

本篇覆盖实际使用的Perl主工具；老Python工具和自动提交脚本需逐项核对兼容性，不应直接当作本集群Slurm入口。完整参数见官方脚本说明。

VTST与dimer工作流 · VTST结构与路径准备 · VTST振动与前因子