Hefei-NAMD原版与DEV输入对照
选择namd、namdk、dish与DEV hfnamd，识别不同文本开关、NSW约定、积分器和输出精度。
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本专题用鸢算科技集群实际计算的Si64轨迹、128个快照波函数和非绝热动力学，演示从准备文件到读取布居和画图的操作。原版为2024.05.21固定提交b7c8fc5，DEV为2023.03.29固定提交308d694；两者是代码快照日期，不是正式版本标签。原版使用ifort 2021.10 / Intel oneAPI 2023.2，DEV配套Intel MPI 2021.10与MKL 2023.2、AVX512。
下载完整输入、实际数值、8张图与操作脚本，保存为 hefei-namd.zip：
python3 -m zipfile -e hefei-namd.zip .
cd hefei-namd-silicon-practical-wave286
bash preview.sh
ls preview/figures
预览读取已有数值。希望自己运行原生后处理时，依次执行：
bash prepare.sh
bash calculate.sh
bash extract.sh
输入复制到 work/，原生结果也在其中，CSV与独立提取结果在 results/。本包的小型CPU后处理不重新运行VASP；实际DFT输入另放 inputs/DFT-inputs/，新的DFT需要自己的授权程序和势文件，并经Slurm提交。DEV需要支持AVX512的CPU，正式生产请申请相应CPU资源。
1 选程序时先认清分支#
module load hefei-namd/2024.05.21
which namd namdk dish
hefei-namd-tools --help
| 入口 | 本例实际操作 | 要注意 |
|---|---|---|
| namd | 原版FSSH，NELM1000/2000 | NSW=32对应31行文本耦合 |
| namdk | 原版FSSH的另一实现 | 本例NSW=31，输出振幅仅4位小数 |
| dish | 原版DISH | NSW=31，DEPHTIME与LDISH |
| DEV hfnamd | FSSH的Trotter/MKL积分、DISH | MPI/AVX512；LCPTXT及ALGO参数 |
这些是本次实际运行的分支与输入，不表示它们的每个可选参数都可互换。原版已带集群现有的文件/状态兼容修正，程序名称相同不代表可直接换成未经同样处理的其他编译。
2 DEV FSSH的完整输入#
&NAMDPARA
BMIN=1, BMAX=12
NSW=31, POTIM=0.5, TEMP=300
NSAMPLE=4, NAMDTIME=20, NELM=1000, NTRAJ=4000
LHOLE=.FALSE.
ALGO="FSSH", ALGO_INT=0, NPAR=1, LCPTXT=.TRUE., LBINOUT=.FALSE.
/
DEV用 LCPTXT=.TRUE.，原版用 LCPEXT=.TRUE.，拼写不能互换。此处 ALGO_INT=0为本例Trotter分支；实际还运行了 ALGO_INT=2的MKL分支，均使用相同自有NATXT。
进入已准备的DEV目录后，用一MPI进程的小例：
cd work/dynamics/Si64-300K-seed11/DEV-FSSH-Trotter
cp ../../../double-NAC/Si64-300K-seed11/NATXT .
cp ../../../double-NAC/Si64-300K-seed11/EIGTXT .
module load hefei-namd/dev-2023.03.29
mpiexec -np 1 hfnamd > native.log 2>&1
ls SHPROP.* PSICT.*
正式运行应先分配支持AVX512的CPU资源，再按规模安排MPI进程数与NPAR。前置VASP在GPU节点完成，不表示DEV二进制能在任意GPU主机的CPU上执行。包内完整复跑脚本显式选择匹配Intel MPI和DEV程序路径，避免混用其他MPI。
3 DEV DISH只换方法仍需检查输入#
&NAMDPARA
BMIN=1, BMAX=12
NSW=31, POTIM=0.5, TEMP=300
NSAMPLE=4, NAMDTIME=20, NELM=100, NTRAJ=128
LHOLE=.FALSE.
ALGO="DISH", ALGO_INT=0, NPAR=1, LCPTXT=.TRUE., LBINOUT=.FALSE.
/
DEPHTIME、EIGTXT、NATXT、INICON仍需保持同一能带/时间约定。不能把原版 LDISH开关直接当成DEV的方法选择方式。
4 输出格式为何不能共用一个简单split#
原版namd的PSICT为带括号复数；namdk的一个时刻可能跨两条物理记录、振幅4位小数；DEV为6位小数的复数字符串。下载包提取器按分支解析，不通过肉眼补行或删除负号。
namdk本例打印振幅得到的最大范数偏差约1.51×10⁻⁴，四位小数舍入足以影响这个量级。因此它只作当前输出精度内的结果读取，不拿它替代严格量子积分参照。namd与DEV按各自输出精度核对了范数和平均能量；用户需要更高精度时应先选输出精度足够的分支，而不是事后把数值强制归一化。
cd /path/to/hefei-namd-silicon-practical-wave286
bash extract.sh
ls results/data/*DEV*population.csv
把示例路径改成自己实际解压目录。提取器保留各分支文件原样，并另写带原始能带列名的CSV。