DeePMD专题

DeePMD通用性质标签准备

用真实氨分子量化轨道能级准备单输出和双输出标签,理解property_name、task_dim与旋转不变量。

更新于 2026-11-11约 3 分钟阅读按任务与环境选择适用配置
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DeePMD的通用 property 拟合网络可学习能量、力之外的旋转不变标量。本例用鸢算科技集群已经实际完成的24个NH₃ HF/6-31G(d)计算,分别学习HOMO–LUMO轨道能差,以及HOMO、LUMO两个轨道能级。先整理数据,接着训练,最后比较单输出与双输出。

1 下载与解压#

下载量化输入、选定标签、原生训练结果、模型和绘图程序:

mkdir NH3-property
python3 -m zipfile -e nh3-deepmd-generic-property-*.zip NH3-property
cd NH3-property
head -n 32 reference/SELECTED-QUANTUM-LABELS.json

每个原始几何保留结构、电子数、基函数数量、HOMO/LUMO能量与源检查点哈希。包内只有选定数值,没有Gaussian程序、完整FCHK或轨道系数。训练直接使用提供的真实标签,不需重新运行量化计算。

2 实际体系与标签含义#

NH₃为中性单重态,10电子、5个双占据空间轨道,6-31G(d)在本例共有21个基函数。从Gaussian16 C.01 AVX的 Alpha Orbital Energies 中取第5个轨道为HOMO、第6个为LUMO,再将Hartree乘27.211386245988转换为eV。

真实NH3几何与24个量化结构的HOMO和LUMO标签

数据包含16个训练、4个验证、4个测试原始几何,先划分几何,再对每个结构生成三种刚体姿态,得到48、12、12帧。旋转、平移不会改变这些标量标签;三个姿态不能视为三个独立量化结构。数据目录使用 nopbc,20 Å盒矩阵只是格式占位。

这些标签是固定方法和基组下的HF轨道本征值及其差,不是光学激发能、实验电子亲和能或周期晶体带隙。更换泛函、基组、电荷或自旋状态时,应重新定义并一致计算标签。几何差异还包括键角与键长不对称,图中的平均N—H距离不是唯一结构变量。

3 数组名称与列数#

目标 文件 每帧列数 本例训练数组
HOMO–LUMO能差 homo_lumo_gap.npy 1 48×1
HOMO和LUMO两个能级 orbital_edges.npy 2,依次HOMO、LUMO 48×2

坐标为 coord.npy,每帧按N、H、H、H展开为12列;type.raw 为 0 1 1 1,type_map.raw 为N、H。标签单位均为eV。

bash labels.sh

脚本将提供的真实选定标签重新写入 labels-rebuilt/,并与参考NumPy数组逐项比较,不编造原子级HOMO/LUMO、能量、力或virial标签。

单列与双列标签的实际数值、形状和参数对应

模型中的 property_name 必须与数据文件名一致,task_dim 必须与列数一致。本例两种配置分别为 homo_lumo_gap,1 与 orbital_edges,2。它们都属于同一类通用性质拟合。

4 量化输入参考#

cat reference/gaussian-inputs/NH3-test-01.gjf
%NProcShared=1
%Mem=1GB
%chk=calc.chk
#p HF/6-31G(d) SCF=(Tight,Conver=10) Polar NoSymm

NH3 actualtensorlabel NH3-test-01

0 1
N 0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000
H 0.93645569311246 0.00000000000000 -0.37835265935007
H -0.46822784655623 0.81099441975395 -0.37835265935007
H -0.46822784655623 -0.81099441975395 -0.37835265935007

这些原始量化输入使用HF/6-31G(d)、NoSymm 与严格SCF收敛;原计算还输出了极化率,当前教程只读取轨道能级。拥有Gaussian使用权限时,可用 g16 < input.gjf > native.log、formchk calc.chk calc.fchk 自行重建对应输出;本包复跑不执行这一步。继续通用性质训练,参数概念见DeePMD官方通用性质拟合。

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