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DeePMD DPA4C紧凑描述符输入与准备

用真实氨分子能量和受力准备数据与环境,单卡提交原生训练。

更新于 2026-11-11约 2 分钟阅读按任务与环境选择适用配置
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本篇演示DPA4C紧凑描述符,从真实NH₃能量和原子力出发,依次完成数据准备、训练、读取结果和推断。下载完整实例包。三篇共用同一个工作目录,按顺序执行即可。

DPA4C是DPA4家族中的紧凑描述符,本例采用PyTorch Exportable后端。用小规模NH₃真实能量与力演示输入、训练和检查点推断;本例为双精度,不附带冻结、压缩或LAMMPS部署成品。

1 下载与解压#

mkdir NH3-DPA4C
python3 -m zipfile -e nh3-deepmd-dpa4c-*.zip NH3-DPA4C
cd NH3-DPA4C

data是实际标签数组,inputs是完整训练输入,reference是本站实算参考,code是可读的工作流程序。

2 重建标签数组#

bash labels.sh

复用本站24个真实NH₃构型的RHF/6-31G(d)能量与解析受力,电荷0、单重态。原始16/4/4构型先划分为训练、验证、测试,再各扩展3种刚体姿态,得到48/12/12帧。构型的旋转副本不会跨越训练与测试;12个测试姿态只代表4个独立原始构型。

数据单位为坐标Å、总能量eV、原子力eV/Å。type.raw是0 1 1 1,type_map.raw是N H。nopbc表示非周期分子,调用接口时传入box=None。没有virial或原子能量训练标签。本命令只重建并核对所附数组,不会重新运行Gaussian;完整量子化学输入与选出字段也在包内。

real-structure-and-data-splits

3 准备环境#

bash setup.sh

脚本建立当前目录的.venv,继承公共deepmd-kit/3.2.0,仅在个人环境安装Vesin与vesin-torch 0.6.2。Python3.12、PyTorch2.12.0,集群源码基于GCC13.3和CUDA12.9。安装使用requirements-lock.txt中固定URL和SHA256,随后实际调用Torch邻居表。首次需联网;运行程序始终使用这个个人解释器,不能用公共dp绕过Vesin依赖。

4 提交自己的新训练#

bash run.sh

默认申请P100单卡、2个CPU核、8GB内存。V10016G用户在新解压目录中运行bash run.sh v100。命令显示Slurm作业号并等待;排队时不要重复启动。已有new-work时请先保留结果,另开目录,避免覆盖。

实际流程是复制数据与完整输入→从头训练3000步→原生测试→分别执行GPU与CPU推断→生成自己的误差表。此次新作业只训练一个模型;不会把所附参考模型当成自己的新训练。

actual-input-and-output-workflow

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