ATAT拐点结果:恢复结构与整理输出
用实际保存的epipos和epidir恢复结构,不重新计算能量和力。
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拐点搜索留下的epipos.out是优化坐标。用原生infdet -os可把它恢复为结构文件,方便查看或接后续计算。下载实例包。
1 直接恢复包中的实算结果#
cd ATAT-infdet
bash restore.sh
cat restored-epicycle/str.out
若当前目录已经有你运行得到的epicycle,脚本读取该目录;否则读取包内reference/epicycle。输出放进新的restored-epicycle,不会覆盖原始结果。此操作只转换已保存坐标,不调用EMT或VASP。
2 手动操作的完整顺序#
mkdir restored-manual
cp reference/epicycle/str.in restored-manual/
cp reference/epicycle/epipos.out restored-manual/
cp reference/epicycle/epidir.out restored-manual/
cd restored-manual
module load atat/3.52-8173m
infdet -os -ds=0
cat str.out
-ds必须与保存坐标时一致,本例使用0。不要拿其他晶胞或原子顺序的str.in搭配这份优化向量。本站恢复得到的原子坐标与原生最终结构完全相同。
3 转为后续软件的结构格式#
str2poscar < str.out > POSCAR
str2cif < str.out > structure.cif
先检查生成的元素顺序和晶胞,再接后续工作。转换成POSCAR不等于已经得到适合DFT的收敛结构;本例优化基于EMT,若研究需要DFT势能面,应使用一致的DFT参数重新优化或作相应单点分析。
最终可保留三类文件:原始输入与势函数设置、优化日志与最终结构、供画图的能量和力数据。无需为了整理或格式转换重算整个拐点搜索。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。