ATAT远程任务:共享目录与复制模式
用真实SSH文件任务讲清node两种模式、结果返回以及Slurm与远程执行的关系。
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node是ATAT的远程执行工具。共享目录模式直接进入远端同一路径运行;复制模式把当前任务文件传到远端临时目录,完成后返回结果并清理临时目录。下载实例包。
1 先用安全的小例子认识两种模式#
mkdir ATAT-node
python3 -m zipfile -e atat-node-*.zip ATAT-node
cd ATAT-node
cat reference/transfers.json
本站用普通账户、临时本机OpenSSH连接实际运行了node -s和node -s -r,两种模式均返回42字节文件,输入输出SHA-256一致,复制模式的远端临时目录在结束后清理。这是本机回环连接的真实文件传输演示,不代表账户已具备到所有集群节点的免密权限。

包内可选的bash demo.sh会在127.0.0.1临时监听一个普通用户端口,测试后关闭,并删除临时生成的私钥;不修改个人SSH配置。只想了解结果时,阅读reference/transfers.json即可。
2 远端任务脚本写什么#
worker.sh完整内容如下,只处理当前目录文件:
#!/bin/sh
set -e
id -u > remote-uid.txt
pwd > remote-pwd.txt
cp input.txt output.txt
针对你已获授权、SSH认证可用的远端主机,把下面AUTHORIZED_HOST换成实际主机名。先确认文件路径与资源权限。
module load atat/3.52-8173m
chmod +x worker.sh
node -s AUTHORIZED_HOST ./worker.sh
cat output.txt remote-pwd.txt
此模式要求本地、远端看得到相同路径,并且远端可以访问所需程序与环境。SSH认证由SSH管理,node不会自动创建登录权限。
3 目录不共享时怎样传回结果#
node -s -r AUTHORIZED_HOST ./worker.sh
cat output.txt remote-uid.txt remote-pwd.txt
-r复制模式会使用远端临时工作目录。实际使用时,保持当前目录只放本任务所需文件,避免把大型轨迹、无关结果或凭据一起复制。SSH/SCP失败时先检查认证、目录权限与磁盘空间。
node负责远端启动与文件传递,不负责申请Slurm资源。本集群的科学计算仍通过Slurm提交;不要用该命令绕过调度器。EMT、VASP或Monte Carlo主程序应放在已经分配的资源内运行,轻量文件示例与生产模拟要区分。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。