DP-GEN原生任务入口与调度导航
把当前0.14.0的11个原生入口按初始化、主动学习、数据工具和界面整理,直接跳到终端实例。
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DP-GEN0.14.0的不同命令面向不同工作。先确定需要生成初始数据、做主动学习、筛选已有标签,还是收集和统计数据,再选择入口。本表按当前安装版的11个原生入口整理,并链接到鸢算科技集群的实际操作例子。
| 入口 | 用途 | 对应教程 |
|---|---|---|
init_bulk |
体相优化、扰动、AIMD、收集 | Si原胞15帧 |
init_surf |
表面优化与扰动结构生成 | Cu111表面 |
init_reaction |
ReaxFF分子取样、团簇与Gaussian标签 | 水分子完整初始化 |
run |
训练、探索、选择、标注、再训练 | 完整主动学习循环 |
run/report |
按系统与迭代统计 | 收集与统计 |
collect |
收集、合并已有标签 | 36帧实际数据 |
auto_gen_param |
由结构生成探索参数描述 | 32结构自动参数 |
simplify |
从已有构型池迭代选择数据 | 32帧Si数据筛选 |
autotest |
优化与六类性质生成、提交、提取 | Ni EAM自动测试 |
db |
把既有标签整理成本地数据库JSON | 15条原生数据库 |
gui |
用浏览器编辑、导入、导出参数 | DP-GUI实际操作 |
各入口都有短帮助命令:
source /etc/profile
module load dpgen/0.14.0
dpgen -h
dpgen init_bulk -h
dpgen simplify -h
dpgen autotest -h
数据工具还可以分别查看选项:
dpgen collect -h
dpgen run/report -h
dpgen auto_gen_param -h
帮助与功能索引不代表所有参数组合都适用于当前任务。例如本版init_surf不自动跑表面AIMD;原生数据库的PWSCF/Gaussian分支不等同于通用dpdata读取器;GUI安装版体相表单导出后需要补充晶格参数。相应教程给出具体处理步骤。
DPDispatcher怎么连接集群#
DP-GEN主控负责生成目录和推进流程;DPDispatcher负责把每阶段任务交给计算资源。machine.json至少区分:
| 配置 | 负责什么 | 本集群常用设置 |
|---|---|---|
context_type |
文件与执行上下文 | 登录节点主控用LocalContext |
batch_type |
调度方式 | 计算任务用Slurm |
local_root |
本地任务根的约定 | 原生DP-GEN要求"./" |
remote_root |
当前账号阶段工作目录 | 实例自身的dispatch/或同类目录 |
resources |
分区、CPU/GPU、时间等 | 按阶段选择资源和类型化GPU |
command |
实际启动的软件 | 附件的独立软件启动脚本 |
本系列GPU任务通过普通账号Slurm提交,保留正常资源分配与计费。P100资源类型为gpu:p100-16g:1,V10016G为gpu:v100-16g:1;示例通常一任务一卡,不把四模型强行放入一个GPU进程。CPU分区按1×56或等价56进程×1等布局申请整节点,程序并行方式另由实际启动器决定。
Shell是直接启动本地进程的方式,适合轻量数据读取等操作;不把生产模拟改成在登录节点直接执行。科学软件启动器分别加载自己的环境,避免把VASP、LAMMPS、DeePMD的MPI和库路径混在一个长期Shell中。
本次新增的三类完整终端例子也可集中下载:反应初始化、已有数据筛选、自动性质测试。自动性质测试包含优化、EOS、弹性、空位、间隙、表面与单条层错路径,并不承诺替所有材料完成收敛研究。
主控暂停、取消计算、重复提交等问题先看中断与恢复;scancel只取消调度作业,不会自动停止仍运行的DP-GEN主控。参见DP-GEN官方命令行说明与DPDispatcher官方文档。