VASPBERRY一份配置完成后处理

本篇使用鸢算科技已有的MoS₂ SOC计算：3原子、完整6×6×1网格、48条自旋子能带，VASP6.6.1、PBE、ENCUT450eV、EDIFF1E-6。复用已完成的波函数，不重跑DFT。 本页演示VASPBERRY1.6.3的INI前端，正则动量路线属于速度算符近似，不是完整PAW/nonlocal/SOC速度。

1 下载并先看参考结果#

下载INI与区域积分实例包，保存为post.zip。

python3 -m zipfile -e post.zip .
cd vaspberry-post
bash results.sh
bash plot.sh

2 准备自己的同次计算文件#

按MoS₂输入教程得到波函数，放进input/后执行：

bash prepare.sh ./input
cat gap.ini

附件不分发WAVECAR或POTCAR。准备脚本只连接自己的波函数，核对36k点、48带和自旋子布局，并按能带1–18确定价带顶与19带导带底，设置绝缘隙内的扫描范围。这个配方针对本例；换材料必须重新确定占据带数和网格，不能照抄18。

本次价带顶−1.3083749644eV、导带底0.3287496002eV，参考μ为−0.4898126821eV。它们均沿用原始VASP本征值零点。

[run]
wavecar = source/WAVECAR
binary = /public/software/vaspberry/1.6.3/bin/vaspberry
output = numerical-gap0K
mesh = 6 6
spin_mode = spinor
energy_reference = unchanged VASP eigenvalue zero
mpi_procs = 1
plane_axes = 0 1

[hall]
mu = -1.108374964428 0.128749600176 41
reference = -0.489812682126
temperatures = 0

[region patchP]
center = 1/3 1/3 0
radius = 0.08

[region patchQ]
center = 2/3 2/3 0
radius = 0.08

[differences]
PminusQ = patchP patchQ

路径相对INI所在目录，分数坐标允许1/3，半径单位Å⁻¹。plane_axes从0开始编号，与从1开始的原子、能带、k点编号不同。

3 检查、运行、绘图#

source env.sh
vaspberry-post check gap.ini
sbatch job.slurm

作业内部依次执行vaspberry-post run gap.ini、vaspberry-post plot numerical-gap0K和后续缓存操作。CPU分区按1任务×56CPU、独占整节点申请，本小例实际单线程，仍按56核整节点计费。不要把Python前端再套进mpiexec；只有明确使用MPI原生程序时才设置匹配的binary和mpi_procs。

ls numerical-gap0K
head -n 8 numerical-gap0K/hall/conductivity.csv
ls numerical-gap0K/figures

native/PAIRS.csv是能带对的分子项和能量，还不是电导；pairs/是可复用缓存；hall/conductivity.csv已经完成占据和BZ积分；figures/只负责把保存值画出来。

4 区域、总量和科学范围#

本例patchP与patchQ各含1个采样点，rest含34点，三者组成36点总网格；PminusQ严格为P−Q，没有默认乘1/2。一个采样点不代表整个谷，区域名也不会自动定位高对称点。

绝缘隙参考点的原始总响应约0.00063220e²/h。MoS₂的时间反演对称性不支持据此宣称非零电荷反常Hall；这个残差提示应继续检查空带求和、数值精度和速度算符。这里演示完整操作链与单位，不把粗网格、正则动量近似的残差解释为收敛材料效应。

下一篇缓存与有限温度说明如何避免重复导出，以及如何显式处理数值简并。版本与设置说明参见VASPBERRY1.6.3文档。