ABACUS NEP：读取检查点续算
从真实第35步检查点续算到79步，与连续轨迹比较，说明追加输出和重复帧的处理。
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续算必须同时恢复结构、速度和分子动力学状态。只把最后一张图片作为新的STRU并重新生成速度，会变成新的初态。本篇从NVE40已经写出的检查点继续到80帧，并与从头连续运行的NVE80对照。
unzip abacus-NEP-MD-wave675-*.zip
cd abacus-NEP-MD
bash results.sh
bash plot.sh
以上两步读取本集群已完成的参考数据并重绘，不启动计算。inputs/存放完整输入，reference-data/是参考表，新计算写入work/，新提取表写入results/。每个资料包都附独立环境的编译脚本；已有本篇环境时可复用，无需反复编译。
运行前先按NEP独立环境编译本地工具链。若工具链已在相邻的abacus-beta10-NEP目录中：
bash use-toolchain.sh ../abacus-beta10-NEP/toolchain/install
sbatch job.slurm
第一套资料包本身使用自己的toolchain/install，无需再选择路径。脚本申请cpu-8173m的56核独占整节点；本例内部按需要使用1、2或4个MPI进程，仍按整节点计费。CPU资源暂不可用时可以先看参考数据，待可用后提交。本文结果不作为CPU节点性能测试。
本组统一使用固定ABACUS 3.11.0-beta10（源码提交40e7ce8c575abb2ae7fc0df1bd6ec4b48a695d2d）和NEP_CPU 629ec5d，oneAPI 2024.2的icx/icpx/ifx、Intel MPI 2021.13、顺序MKL 2024.2，面向AVX512 CPU。此独立构建启用PW和NEP_CPU，关闭LCAO、ELPA、LibRI、Libxc、MLALGO、CUDA和OpenMP；不是覆盖全部电子结构功能的通用构建。公共ABACUS 3.10.1模块不提供这里使用的新接口。
1. 先运行基础MD并找到检查点#
sbatch job.slurm
作业完成后：
head work/nve40/OUT.nep/Restart_md.txt
ls work/nve40/OUT.nep/STRU
本例md_restartfreq 5、输出帧0–39，保存的最后检查点是 35，结构为STRU_MD_35，不是凭md_nstep 40推断的40。应以实际重启文件为准。
2. 提交续算#
sbatch restart.slurm
脚本把整个work/nve40复制到新的work/nve-restart80，保留原结果，然后修改以下参数：
md_nstep 80
md_restart 1
init_vel 1
md_tfirst -1
md_tlast -1
md_nstep设的是新的绝对总步数上限，不是额外再增加80步。md_restart 1恢复已有状态，init_vel 1配合重启读取速度；−1温度设置避免重新按指定温度初始化速度。这里的流程按当前固定版本实际检查点格式编写，不能随意混用另一版本生成的文件。
cat work/nve-restart80/INPUT
head work/nve-restart80/OUT.nep/Restart_md.txt
head work/nve-restart80/restart.log
3. 续算输出为何有重复编号#
本例复制整个原目录后，MD_dump继续追加：旧0–39帧仍在，又追加35–79帧，总共85条记录，但唯一编号只有80个。35–39出现两遍不表示模拟多走了五步，也不应把轨迹当成85个等间隔新时刻。
配套md_read.py按绝对步号读取，遇到重复编号保留最后一条作为派生分析视图，原始MD_dump不改写。后续分析应先明确使用续算后的记录，而不是对重复帧求平均。
source ./env.sh
"$PYTHON_FOR_ANALYSIS" - <<'EOF'
from pathlib import Path
from md_read import dump
frames,raw=dump(Path('work/nve-restart80'))
print('原始记录',raw,'唯一帧',len(frames))
print('首末编号',min(frames),max(frames))
EOF
以上只读取轨迹，不运行新MD。输出应为85条原始记录、80个唯一帧、编号0–79。MD日志显示的步号和轨迹绝对编号还可能相差1，配套读取函数已经转换到轨迹编号。
4. 实际与连续运行相差多少#
| 第35–79步整段比较 | 最大差 |
|---|---|
| 周期最小像坐标 | 2.025×10⁻⁸ Å |
| 速度 | 1.09×10⁻⁹ Å/fs |
| 力 | 3.22×10⁻⁷ eV/Å |
| 每原子总能 | 当前打印精度下0 |
head reference-data/ABACUS-NEP-MD-restart.csv
cat reference-data/ABACUS-NEP-MD-summary.csv
这些数值说明本组初态和固定版本能够恢复轨迹，不能推广成所有恒温/恒压方法、任意软件版本之间的重启兼容保证。跨版本继续生产任务前应保留原检查点并做短段比较。