ABACUS:D4色散个人环境
固定新版PW程序与DFT-D4 4.2.0,在个人目录准备原生D4/D4S能量、受力和应力接口。
阅读本篇目录
本组用固定ABACUS 3.11.0-beta10源码开启原生DFT-D4接口,后续水双体实例直接通过vdw_method d4求能量、受力和应力。环境只安装在本次解压目录,不替换公共ABACUS 3.10.1模块,也不修改个人.bashrc。
unzip abacus-d4-env-wave689-*.zip
cd abacus-d4-env
bash results.sh
bash plot.sh
以上只读取已有参考数据;重新计算请使用新解压的目录,结果写入work/和analysis/。
1. 下载固定源码并提交编译#
bash prepare.sh
cat SOURCE-LOCK.json
sbatch build.slurm
squeue -u "$USER"
首次只需准备一次环境。固定ABACUS提交40e7ce8c575abb2ae7fc0df1bd6ec4b48a695d2d,DFT-D4复用集群现有4.2.0 C API库;依赖目录记录在build.py中,不应换成任意旧D4库。
2. 编译环境与功能范围#
| 项目 | 本组设置 |
|---|---|
| C/C++编译器 | Intel icx/icpx 2024.2 |
| Fortran依赖 | GNU Fortran 13.3,与现有D4静态库匹配 |
| MPI | Intel MPI 2021.13 |
| 数学库 | MKL 2024.2,顺序模式 |
| D4 | 4.2.0,实际运行1线程 |
| 程序范围 | PW/MPI/D4开启;LCAO/ELPA/LibRI/ML/CUDA关闭 |
ENABLE_DFTD4=ON
ENABLE_MPI=ON
ENABLE_LCAO=OFF
ENABLE_OPENMP=OFF
USE_CUDA=OFF
MKL_THREADING=sequential
CMAKE_Fortran_COMPILER=/usr/bin/gfortran
CMAKE_CXX_FLAGS=-O2 -xCORE-AVX512
ABACUS自身的OpenMP关闭;D4库依赖的GNU Fortran OpenMP目标由DFTD4-dependencies.cmake显式发现,运行时OMP_NUM_THREADS=1。该文件处理编译依赖的发现,不修改共享库或数值算法。
脚本申请cpu-8173m56核独占整节点,内部最多16个并行编译进程,按整节点计费。CPU资源不可用时可以先阅读下一篇的参考数据。
3. 查看安装并复用于实例#
cat toolchain/BUILD-FINISHED.json
ls toolchain/install/bin/abacus
进入水双体D4实例的解压目录:
bash use-toolchain.sh ../abacus-d4-env/toolchain
bash prepare.sh
sbatch job.slurm
不能把这里的PW专用程序当成LCAO、DeePKS或BSE环境。其他功能请选择相应教程中的环境。
接口与参数以固定ABACUS源码和D4项目为依据;同名模块或程序未必编译了相同可选功能。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。