pymatgen：个人配置、POTCAR与单进程读取
在个人目录实际配置势函数路径、按Si/O顺序拼装授权POTCAR，并限定一个工作进程读取Cu结果。
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本例在鸢算科技集群实际运行pymatgen个人配置写入、授权POTCAR拼装和单工作进程的VASP结果读取，并核对本机八类pmg入口的使用条件。
POTCAR准备与Cu结果读取是两个独立操作示例，没有为SiO建立结构或提交新的量化计算。下载包只提供脚本和必要元数据，完整POTCAR需在已有授权的环境中准备。
unzip pymatgen-personal-CLI-wave727-*.zip
cd pymatgen-personal-CLI
module load pymatgen/2026.9.24
bash results.sh
bash plot.sh
环境为pymatgen2026.9.24、Python3.11及其现有依赖，绘图使用Matplotlib。图片输出到figures。
1. 在新目录准备个人配置#
bash configure.sh
cat settings.yaml
脚本在当前目录建立private-potentials和settings.yaml。本例势函数来自集群已有的授权PBE64目录，以Si、O两个符号作为准备示例。
读取这份配置时，给具体命令指定：
PMG_CONFIG_FILE="$PWD/settings.yaml" pmg --help
PMG_CONFIG_FILE控制配置读取。当前安装版的原生pmg config --add写入目标仍由它自己的默认路径变量决定，不能只加这个环境变量就假定写入位置也改变。
因此随包configure.py仅在该次Python进程中把原生配置写入函数的目标指向当前目录，然后调用同一原生写入接口；它没有改安装环境的代码。两项配置分别是个人势函数库位置和默认泛函标签PBE_64。
准备脚本按新目录一次性执行；已有private-potentials时先检查原内容，避免重复准备时覆盖自己的配置。
2. 按顺序拼装授权POTCAR#
bash potcar.sh
python inspect-potcar.py
potcar.sh实际执行的核心命令是：
PMG_CONFIG_FILE="$project_dir/settings.yaml" pmg potcar -f PBE_64 -s Si O
这里project_dir由脚本设为解压根目录，命令在新建的work中执行。输出work/POTCAR。
| 请求顺序 | 符号 | 本例数据集价电子数 |
|---|---|---|
| 1 | Si | 4 |
| 2 | O | 6 |
顺序必须与实际POSCAR的元素行一致。Si O与O Si不是可随意互换的排列；Zn、Zn_sv等不同势函数符号也不能仅按元素名认为等价。
本例实际核对了拼装后每段势函数内容与原授权数据一致；容器读写可能规范化末尾End of Dataset标签缩进，所以不能仅因整个合并文件的文本哈希不同，就断言势函数的物理数据改变。
想读取关键元数据也可直接用：
python - <<'PY'
from pymatgen.io.vasp.inputs import Potcar
p = Potcar.from_file('work/POTCAR')
print(p.symbols)
for block in p:
print(block.symbol,block.nelectrons)
PY
把自己的POTCAR始终放在已有授权的计算环境中；本页附件中的准备脚本不能替代VASP许可。
3. 限定一个工作进程读取实际Cu结果#
bash analyze-one.sh
脚本调用本地pmg analyze实际参数解析与执行入口，仅对包内inputs目录分析；在该进程中把工作进程数限定为1。结果包含Cu₄晶胞能量约−14.9209eV、每原子约−3.73022eV。
当前本地版本的默认批量读取会按整机CPU数创建进程，小目录处理应使用这个限定脚本，或使用单进程Borg示例。不要直接对整个共享盘做递归扫描。
读取结果没有提交VASP，也没有重新计算能量；输出数字的精度仍受命令表格的打印位数限制。
4. 本机八类CLI的实际条件#
pmg --help
cat reference-data/Pymatgen-eight-CLI-conditions.csv
| 入口 | 当前使用方式 |
|---|---|
| config | 本例实际调用原生写入函数，目标限定个人目录 |
| analyze | 本例实际用单工作进程读取已有Cu结果 |
| query | 此安装版只有参数注册、没有执行处理器，不能真正查询 |
| plot | 已有实际XRD绘图；DOS等可按适用输入使用 |
| structure | 已有实际格式转换、对称性等操作 |
| view | 需要VTK及图形显示；当前集群Python环境缺VTK |
| diff | 已有实际INCAR差异比较 |
| potcar | 本例实际在授权环境按符号拼装 |
本机pmg query即使能显示帮助，也不能只靠配置API key变成可用查询命令。 实际调用会返回“Please specify a command.”。需要在线数据时，应使用Materials Project当前官方客户端与用户自己的授权，参阅官方API说明。本例没有发起在线查询，也没有读写API key。
view需要VTK和显示环境；普通无图形SSH终端不具备这些条件。可先用pmg structure导出CIF，再在个人电脑的结构查看软件中打开；不把帮助命令成功当作已经显示了结构。
结构、INCAR比较和XRD的完整命令见终端命令与批量读取。