Moltemplate 工具全览与工作流导航

Moltemplate的主入口是 moltemplate.sh，其他工具通常处理某一步的文本、拓扑或坐标。一般先读完整工作流，再按需要使用辅助工具，不必把32个工具全部手动串起来。

下载参数、结果与工具导航CSV，解压后进入 moltemplate-amber-improper-examples。

从哪篇开始#

安装版的32个控制台入口#

本表以集群2.22.5的安装注册表为准，各链接提供实际终端操作、数据或明确的版本限制。主流程内部调用的工具也列出，但不要求客户重复调用。它不是对每一种力场、每一个参数组合的适用保证。

module load moltemplate/2.22.5
command -v moltemplate.sh
command -v ltemplify.py
moltemplate.sh -help

额外的AMBER转换模块#

amber2lt随Python包安装，通过模块运行，没有计入上面的32个控制台命令：

module load moltemplate/2.22.5
python -m moltemplate.amber2lt --in toy.frcmod --out toy-forcefield.lt --name ToyFF

toy.frcmod需要先按FRCMOD实例准备；转换器是实验性入口，应检查参数和生成模型。仅看到帮助或生成了文件，不代表分子参数已正确。

选择工具时留意这些条件#

原版曲线插值、默认混合类型电荷包装有具体版本问题，对应教程提供已实际执行的替代步骤；不要略过说明直接套命令。旧ESPResSo TCL入口与现代Python接口不同；MOLC参数能导出，也仍需要匹配的专用LAMMPS实现才能做动力学。

下载上一节的实例后，可以直接查看工具导航CSV：

head -n 12 reference-data/Moltemplate-tool-guide.csv
cat reference-data/Moltemplate-energy-components.csv

源码中的规则模块和内部原型不一定是独立用户命令。本专题覆盖当前安装版注册入口及主要建模操作，后续引擎、版本或力场发生变化时，应重新确认输入格式。主构建流程与支持的力场见 Moltemplate官网。