Critic2 脚本命令完整导航
按安装版80个顶层关键词找实例,明确别名、场类型前提和实验性源码辅助工具。
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下载输入、原生输出、80关键词表和配图,保存为 example.zip:
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd critic2-language-examples
bash results.sh
bash plot.sh
使用 critic2/1.4(内部1.4.155),GCC/GFortran13.3、OpenMP、LAPACK3.12.1/BLAS。新操作只用1线程,不需要GPU;数据复用以前的水晶体和NEP振动结果,没有新增DFT。
1. 从终端运行一个输入#
module purge
module load critic2/1.4
critic2 -h
critic2 input.cri output.cro
最后一行用于你已准备好的input.cri;本篇具体例子通过 sbatch job.slurm 例子名运行,输入文件在inputs。结构、密度和波函数由上游程序提供,Critic2负责读取、分析和导出。
完整脚本还包括 a=2这类变量赋值、表达式、设置项和块内参数;下面80项是安装版主分发器中的顶层关键词,不是所有参数组合的穷举。79个关键词已有本站原生成功输出,包括别名;testrmt另有严格场类型前提,下面单独说明。
2. 按命令找实际操作#
CSV也随包提供:
head -n 12 tables/critic2-command-map.csv
| 关键词 | 主要用途 | 实际操作 |
|---|---|---|
amd |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
atomlabel |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
auto |
临界点搜索与结果导出 | 教程 |
bader |
参考场及原子盆/权重积分 | 教程 |
basinplot |
原子盆和流线束表面 | 教程 |
benchmark |
场求值基准与区域积分示例 | 教程 |
bundleplot |
原子盆和流线束表面 | 教程 |
bz |
倒空间路径/采样与粉末衍射 | 教程 |
clear |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
compare |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
comparevc |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
coord |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
count |
实际网格场统计 | 教程 |
cpreport |
临界点搜索与结果导出 | 教程 |
crystal |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
cube |
点、线、面、体场采样 | 教程 |
echo |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
econ |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
edit |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
end |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
environ |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
ewald |
形式点电荷Ewald和中性约定 | 教程 |
exit |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
fluxprint |
原生梯度、等值面与通量图 | 教程 |
grdvec |
原生梯度、等值面与通量图 | 教程 |
hirshfeld |
参考场及原子盆/权重积分 | 教程 |
identify |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
integrable |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
integrals |
参考场及原子盆/权重积分 | 教程 |
isosurface |
原生梯度、等值面与通量图 | 教程 |
kpoints |
倒空间路径/采样与粉末衍射 | 教程 |
libxc |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
line |
点、线、面、体场采样 | 教程 |
list |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
load |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
makemolsnc |
NEIGHCRYS风格分子标架转换与实验性reduce去重 | 教程 |
max |
实际网格场统计 | 教程 |
mean |
实际网格场统计 | 教程 |
min |
实际网格场统计 | 教程 |
molcalc |
分子轨道/密度矩阵积分 | 教程 |
molcell |
分子单元、映射和片段移动 | 教程 |
molecule |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
molmove |
分子单元、映射和片段移动 | 教程 |
molreorder |
分子单元、映射和片段移动 | 教程 |
nciplot |
非共价作用采样和等值图数据 | 教程 |
newcell |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
nosym |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
nosymm |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
packing |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
plane |
点、线、面、体场采样 | 教程 |
point |
点、线、面、体场采样 | 教程 |
pointprop |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
polyhedra |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
powder |
倒空间路径/采样与粉末衍射 | 教程 |
qtree |
自适应树积分与网格级别比较 | 教程 |
rdf |
配位、径向分布和Voronoi区域 | 教程 |
reference |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
reset |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
root |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
run |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
setfield |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
sigmahole |
等密度面静电势采样 | 教程 |
spg |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
sphereintegrals |
有限球面/球体密度积分 | 教程 |
stm |
LDOS到恒高/恒流STM | 教程 |
sum |
实际网格场统计 | 教程 |
sym |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
symm |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
system |
脚本、变量与当前工作目录操作 | 教程 |
testrmt |
仅WIEN2k/Elk密度的muffin-tin连续性检查 | 教程,须原始WIEN2k/Elk场 |
trick |
NEIGHCRYS风格分子标架转换与实验性reduce去重 | 教程 |
unload |
结构与标量场配置、场属性与场表达式 | 教程 |
vdw |
几何vdW体积和区域估计 | 教程 |
vibration |
振动文件、频率和FC2数据边界 | 教程 |
vibrations |
振动文件、频率和FC2数据边界 | 教程 |
voronoi |
配位、径向分布和Voronoi区域 | 教程 |
write |
结构、对称、配位、比较与导出 | 教程 |
xdm |
XDM分子色散接口 | 教程 |
xrpd |
衍射曲线背景、拟合和重拟合 | 教程 |
yt |
参考场及原子盆/权重积分 | 教程 |
一个入口可能调用多种算法,别名也可能进入同一处理器。这里按实际可用主要命令安排示例,不将别名重复计算成新的科学方法,也不把某个参数出现在源码里当成已跑过全部材料。
3. testrmt为何不能检查普通CUBE#
testrmt检查LAPW muffin-tin球面内外的场连续性,要求原始WIEN2k或Elk类型的密度,不能用promolecular场或任意CUBE来代替。
cat inputs/testrmt-type-boundary/in.cri
sbatch job.slurm testrmt-type-boundary
本包故意用一个promolecular水分子展示类型限制,原生返回:
field must be of wien or elk type
这表示输入类型不适用,不是完成了一次muffin-tin检查。若你确有这类原始密度,应先按对应格式的LOAD命令读入并设为reference,再执行testrmt;没有原始LAPW数据时,不需要为普通Bader分析运行它。
4. 源码trick辅助分支怎样理解#
安装源码还包含下列13个实验性辅助分支。它们不属于一套统一、稳定的普通用户输入接口;本专题实际演示其中的reduce,其他项需要各自数据和计算器约定,不写成已经完成的计算。
| 辅助分支 | 用途方向或所需条件 |
|---|---|
| uspex_unpack | USPEX结构记录整理 |
| reduce | 候选结构去重,本包已运行 |
| makecif | 特定晶体数据库记录整理 |
| bfgs | 配套外部计算器和几何优化约定 |
| compare | 变形晶胞/结构比较辅助流程 |
| check_valence | 特定邻居和价态检查流程 |
| force_constants | 外部受力计算器和位移约定 |
| displacements | 配套位移结构生成 |
| voronoi | 实验性几何划分辅助流程 |
| energy | 外部能量计算器配置 |
| md | 实验性动力学与计算器配置 |
| uffe | UFF相关辅助能量流程 |
| voids | 实验性空隙几何分析 |
对日常任务优先使用上表已配套实算的主要命令和振动/DFT受力教程。不要将这些内部辅助名当作已经公共部署的USPEX、DMACRYS或量子化学计算器。
5. 用自己的输入时保留这些信息#
记录结构单位、场的来源和单位、reference选了哪个场、积分的又是哪个场;不同数据格式和数值积分网格可能给出不同误差。对比结果时先读输入回显和输出字段,不要只复制最后一列数字。
官方主入口见Critic2手册,本表按固定1.4源码与集群实际输入整理;发展版本的新语法要与当前模块区分。