PFD-kit 命令与工作流入口导航
整理安装版五个命令、DeePMD/MatterSim入口和已实际完成的查询、取回、复用续接操作。
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下载结构、实际扰动结果、Si数据、预训练/微调模型和脚本，保存为 example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd pfd-entrypoint-examples
bash results.sh
bash plot.sh
PFD-kit使用集群0.10.13版，Python3.12.14。参考结构和DFT标签来自本站已有小Si例子，这次没有重新计算DFT。
1. 安装版只有这五个主命令#
module purge
module load pfd-kit/0.10.13
pfd --version
pfd -h
| 命令 | 用途 | 实际例子 |
|---|---|---|
| submit | 按配置创建微调或蒸馏流程 | 上手、微调、蒸馏 |
| status | 查询自己流程与步骤状态 | 查询、取回与续接 |
| download | 取回流程的模型与产物 | 模型交付、取回 |
| resubmit | 列举并复用已成功步骤 | 复用续接 |
| perturb | 准备几何扰动和超胞 | 六个结构实例 |
没有独立 pfd restart命令。续接不是把所有步骤清空重跑，需先确认哪一步已有有效产物。
pfd submit -h
pfd status -h
pfd download -h
pfd resubmit -h
pfd perturb -h
2. 实际续接流程怎样做#
在已发布的完整Si流程包中，短脚本依次执行配置、申请Slurm资源、原生提交、查询和取回。原微调任务已有两条短探索和四次VASP标签，续接例子实际复用准备、探索、选样与四个标签等九个已成功步骤；没有把已有DFT再算一遍。
先按续接教程中的脚本列步骤与编号，再选择复用范围，取回新流程结果后用独立测试检查。不要把别的流程ID或旧任务编号复制进自己的新项目。
结构准备可以在自己的可写目录执行，完整MD/DFT/训练由Slurm资源运行。导入PFD可能在当前目录创建collect.log、train.log，因此不要从只读公共软件目录启动。
3. 后端和数据分别对应什么#
| 安装版入口 | 当前实际演示范围 |
|---|---|
| DeePMD训练 | 真实Si标签微调、教师标注蒸馏、测试与LAMMPS/ASE使用 |
| MatterSim训练 | 个人依赖、原生8轮微调和独立测试 |
| VASP标注 | 四次真实DFT补标，POTCAR由有授权用户自行准备 |
| ASE模型标注 | 教师势产生伪标签，与DFT标签分开保存 |
| ASE探索 | 固定小Si体系、两温度短轨迹 |
| 结构筛选 | 距离检查、描述符与熵选择，详见数据和微调教程 |
本版本训练注册表为DeePMD和MatterSim；MACE在上游规划中，不能当成本安装版已有的训练后端。MatterSim这次展示独立原生训练操作，不冒充已跑完MatterSim全套探索—标注循环。
4. 用自己的数据前先核对#
确认元素顺序、能量零点、力和应力单位，检查训练/验证/测试几何不重叠，再选与模型相符的输出和探索接口。DFT标签与教师伪标签不要混成同一种来源；缺少应力或某个元素的模型也不能靠改文件名补齐能力。
已有实例使用本地debug编排和实际Slurm资源；云工作流后端、PBS及任意远程调度器需要各自配置，本专题不把帮助菜单里出现的参数当成已运行环境。版本入口和支持范围可对照PFD-kit项目。