LOBSTER 多中心COBI与周期原子选择

下载完整输入、原生输出与三张图的绘图程序，保存为example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd lobster-bands-custom-examples
bash results.sh
bash plot.sh

使用LOBSTER6.0.0官方g++9.3.0静态OpenMP程序，单线程。VASP6.6.1 GPU环境为NVHPC25.3、CUDA12.8、HPC-X2.22.1、MKL2023.2。POTCAR、WAVECAR和完整DFT输出不分发；完整安全输入与原生LOBSTER数值输出在资料包中，重算使用您自己生成的同源波函数。

1. 周期原子不能只写元素名#

同一个Si1可以代表不同晶胞中的原子。三中心例子复用已有Si2的7³波函数，指定：原胞Si1→原胞Si2→沿第1个晶格矢量平移后的Si1。

cobiBetween atom 1 atom 2 atom 1 cell 1 0 0

cat inputs/Si-three-centre/lobsterin
sbatch job.slurm Si-three-centre --source "$(pwd)/my-si-vasp"
grep ' 3 ' reference-results/Si-three-centre/NcICOBILIST.lobster

不要把重复出现的atom 1误认为同一个空间点；紧跟的cell 1 0 0标记其周期像。晶胞为非正交原胞时，这个平移不是笛卡尔x增加一个晶格常数。

2. 读取多中心结果#

原生NcICOBILIST.lobster同时明确记录参与原子数和周期标签。本例指定的三中心积分COBI约为：

3   0.00028944   Si1[0 0 0]->Si2[0 0 0]->Si1[1 0 0]

它是无量纲多中心分解，不是eV，也不能与二中心约0.926的数值直接按大小解释为同一种归一化键级。混合不同原子数的相互作用时，不把一个文件中的“平均”当成有统一物理意义的平均键强。

这是固定Si小网格的操作例，不据一个较小三中心值给出材料成键机制的完整结论。请结合二中心、轨道分解、能量分辨曲线与不同合理路径比较。

3. 只生成某个中心附近的成键对#

cohpGenerator from .1 to 2.6 around 1 orbitalWise
useRecommendedBasisFunctions

sbatch job.slurm Si-around-atom --source "$(pwd)/my-si-vasp"
head -n 10 reference-results/Si-around-atom/ICOHPLIST.lobster

around 1按指定原子筛选，orbitalWise请求轨道分解。useRecommendedBasisFunctions采用程序推荐基组；不要同时写另一套基组后误以为推荐开关没有优先级。本例采用推荐Si3s/3p。

4. 给片段中的原子指定周期像#

molecule atom 1 atom 2 cell 1 0 0
skipMolecularOrbitals
skipMOFE

sbatch job.slurm Si-fragment-cell --source "$(pwd)/my-si-vasp"
cat reference-results/Si-fragment-cell/LCFO_Fragments.lobster

实际输出Si2的分数位置变为(1.25,0.25,0.25)，片段中心变为(0.625,0.125,0.125)，与指定周期像一致。这是重新定义分析片段，没有改POSCAR或重新优化晶体。选择哪一组周期像应由实际化学问题决定，相关LCFO流程见片段轨道教程。