CREST构象集合：温度、布居与熵
复用真实乙醇结构，运行三个温度的CREGEN后处理，区分重复记录、微观状态与构象族简并度。
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已有一批构象后，可以先看去重、能量排序、温度布居和构象熵。本篇复用实际优化过的乙醇结构与能量，只运行CREGEN后处理，不重新搜索或优化。
1. 下载并看三个微观状态#
下载完整输入、实际结果、数据和绘图脚本，保存为example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-finite-ensemble-statistics
module load ase/3.29.0
bash read.sh
bash plot.sh
默认读取包内已完成结果，不重新计算。数据写入analysis-read/，图片写入figures/；新计算使用独立work-new/。
输入4条结构记录，去掉1条完全重复后，剩3个微观状态，归为2个构象族：低能族含2个状态，高能族含1个状态。不能把重复输入行当作额外简并度。
2. 实际命令#
使用公共CREST 3.0.2。主脚本会在各条件目录中执行相应命令，以298.15 K为例：
crest initial.xyz --cregen ensemble.xyz --entropy 298.15 --noref --T 1
实际操作直接运行包内脚本，它先把输入复制到work-new/，再依次处理三个温度，无需手动重复执行上面的单条命令：
bash run.sh
bash read.sh work-new analysis-new
bash plot.sh analysis-new figures-new work-new
脚本分别运行200、298.15、600 K三个条件。--T 1设置线程数，--entropy后面的数才是本例布居温度。--noref不借用额外参考Hessian。
3. 先看能量和简并数#
cat work-new/T298/crest.energies
cat work-new/T298/cre_degen
head -15 work-new/T298/ensemble.xyz.sorted
较高构象族比最低族高约1.551 kcal/mol。cre_degen给两个族的状态数2和1；排序文件注释中有每个微观状态的完整能量和权重。
4. 温度改变了什么#
| 温度（K） | 低能族布居 | 高能族布居 | 有限集合构象熵（J/mol/K） |
|---|---|---|---|
| 200 | 98.997% | 1.003% | 6.172 |
| 298.15 | 96.473% | 3.527% | 6.829 |
| 600 | 88.004% | 11.996% | 8.122 |
图中曲线为独立程序对同一有限集合插值计算，只有200、298.15、600 K三个标记点实际调用了CREGEN。高温增加高能态权重，但这些结构及能量没有随温度重新计算。
本版采用近似kT=0.593×T/298.15 kcal/mol计算布居，熵用R=8.314510 J/(mol·K)。读取脚本按该版本定义复算，避免把常数近似差异误当成数据错误。
5. 构象熵不包括什么#
这里的S=-RΣpᵢlnpᵢ只描述给定3个微观状态的分布。它不包含完整平动、转动、振动、溶剂或其他尚未采样的构象贡献，不是乙醇液体绝对熵。这里的--entropy是CREGEN扩展，不等于已完成反复采样与外推的完整entropy search。