PLUMED Actions查找:模块、关键词与输入模板
用简单终端工具查询当前PLUMED构建的310个Actions、17个模块、3483个关键词字段和原生模板。
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不知道某个PLUMED功能叫什么、属于哪个模块、输入要填什么时,可以先用本篇的小工具查找。数据来自集群实际可执行的PLUMED 2.10.1:取得注册列表后,逐个调用原生gentemplate生成310份模板,并与安装内的关键词说明对应。
这里的310是注册Action名称数,包含标量、向量、矩阵等不同入口;3483是按Action分别计算的关键词字段数,许多通用字段会重复出现。它们不是310个已经完成的材料算例,也不是3483种独立算法。
1. 下载后直接查#
下载Actions与关键词查找包,保存为example.zip:
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd plumed-action-lookup
bash lookup.sh
bash lookup.sh DISTANCE
查找工具只需要Python标准库,不提交作业。DISTANCE页面会打印用途、模块、已保存的原生模板、各关键词的类型与说明,以及官方手册链接。
bash lookup.sh opes
bash lookup.sh KAPPA
bash lookup.sh --all
分别按模块、关键词名称或全部Action查询;Action、模块和关键词名称不区分大小写。推荐使用软件原生英文名称,例如DISTANCE、opes、KAPPA,不把中文说明当成关键词输入。
2. 当前构建包含哪些模块#

| 模块 | 注册Action名称 | 按Action计的关键词字段 |
|---|---|---|
| bias | 17 | 251 |
| colvar | 53 | 472 |
| core | 5 | 38 |
| function | 52 | 438 |
| funnel | 2 | 32 |
| generic | 34 | 235 |
| gridtools | 23 | 242 |
| isdb | 17 | 557 |
| matrixtools | 10 | 57 |
| multicolvar | 24 | 374 |
| opes | 9 | 166 |
| refdist | 9 | 65 |
| secondarystructure | 4 | 63 |
| setup | 3 | 9 |
| valtools | 5 | 30 |
| vatom | 6 | 50 |
| ves | 37 | 404 |
下载Action索引;另一份CSV保存完整的Action—关键词字段,可从下载包的data/读取。
这个版本作为CP2K 2026.2的配套依赖安装,使用Intel oneAPI 2024.2、Intel MPI 2021.13、MKL顺序库与GSL 2.8。它与集群较早的独立plumed/2.9.x环境不同;不要只根据本页模板推断旧模块也支持相同入口。
3. 模板要填内容,不能原样当生产输入#
cat templates/DISTANCE.txt
原生模板形如:
DISTANCE ATOMS=<atom selection>
<atom selection>是占位说明,应改成自己体系中的原子编号。最简单的实际写法是:
d: DISTANCE ATOMS=1,2
PRINT ARG=d FILE=COLVAR STRIDE=10
这仍需与自己的轨迹或动力学引擎、边界条件和单位配套。完整实际步骤见丙氨酸二肽集体变量与driver轨迹重算。
关键词表包含通用、隐藏及条件性字段。默认值和参数组合要查对应版本手册;不能把所有字段都复制到同一个输入,也不能仅因一个名称出现在注册列表里就推断它支持所有数据维度。例如本构建的LESS_THAN需要相应的向量/矩阵输入,不能直接把任意标量交给它。
4. 到哪里看已完成的实际教程#
工具会列出当前已有文档中提到该Action的页面,便于继续找实例。这只是检索提示:某页提到一个名称,并不表示它已经执行了该Action的所有分支。
当前实际使用路线包括:
5. 自己核对实际可执行程序#
若需要核对本页对应的2.10.1构建,在集群上先准备其配套依赖:
source /etc/profile.d/lmod.sh
module purge
module load cp2k/2026.2-8173m
plumed_prefix=/public/software/cp2k/deps/2026.2/8173m/plumed-2.10.1
export LD_LIBRARY_PATH="$plumed_prefix/lib:${LD_LIBRARY_PATH:-}"
"$plumed_prefix/bin/plumed" info --long-version
"$plumed_prefix/bin/plumed" gentemplate --action DISTANCE
"$plumed_prefix/bin/plumed" gentemplate --list
这是软件信息与模板查询,不启动MD。原生列表可能写到标准错误,若要保存,可对最后一条加2> actions.txt。自己的另一个PLUMED构建应使用其实际路径,保持程序与配套库一致。
工具的SOURCE.json记录版本和来源哈希,ACTIONS.json保存对应说明;PLUMED官方Actions索引可继续查具体理论和输入条件。