VTST邻居距离表：原子编号、排序与周期像

想快速查看某个原子周围的距离，可以使用VTST的neighbors.pl。读表时要分清排序名次、原子编号和周期像，尤其不要把第一条0距离当作一个重叠原子。

1. 下载和最近像图#

下载完整输入、真实原生输出和绘图包，保存为example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd vtst-periodic-perl-geometry
bash results.sh
bash read.sh
bash plot.sh

上述命令先读随包已完成的结果；原生输出在reference-results/，CSV在data/，图在figures/。默认使用集群ASE环境中的Python，其他环境可用YS_ANALYSIS_PYTHON指定含NumPy、ASE和Matplotlib的解释器。

体系沿用周期距离例子的Si₈正交盒，目标原子分数x为0.98。

2. 运行#

vt=/public/software/vasp/vtstscripts/1040
mkdir -p manual/neighbors
cp inputs/initial.vasp manual/neighbors/POSCAR
cd manual/neighbors
perl "$vt/neighbors.pl" POSCAR 1
cat neighdist.dat
cd ../..

这里Perl脚本的原子编号从1开始，与部分Python工具的0开始编号不同。参数1表示第一个Si。

3. 列怎么读#

每行先给从0开始的排序序号，再给从1开始的原子编号、原始笛卡尔坐标，最后给到中心原子的周期距离。第0名是中心原子本身，距离0；本例之后是另外7个原子。

并列距离的原子可能有不同排序次序，不要从名次差推断物理差别。表中的坐标是原胞内原坐标，最后的距离用最近周期像计算；直接用这些打印坐标相减可能得不到最后一列。

4. 提取和作图#

bash read.sh
bash plot.sh
cat data/VTST-Perl-PBC-neighbors.csv

随包脚本按独立分数坐标最近像计算逐项对照，再画图。图中三维点放在相对中心原子的最近像位置，因此可能不对应原始POSCAR中同一组胞内坐标。

这个工具列的是当前模拟胞中的每个原子各一个最近像，不会自动枚举所有晶格平移像。小胞中需要完整配位壳层时，应另用邻居表或超胞方法，不能仅数这里7个非自身原子来推断全部配位数。本例也不证明任意斜晶胞的最近像处理正确。