CREST团簇结果：结构文件与能量怎么读

QCG目录中有多种坐标和能量输出。先区分计算阶段，再选择要交给后续量化计算的结构，可以避免把带约束的生长能量当成自由分子的总能。

1. 查看资料包#

下载CREST小溶剂团簇资料包，保存为example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-qcg-small-clusters
bash results.sh
bash read.sh
bash plot.sh

先读已保存的实际结果，图片位于figures/，CSV在data/；不需要重新运行搜索。

ls reference-results/growth/ethanol-water-2/grow
cat data/QCG-cluster-energies.csv

2. 常用文件#

要把本例自由优化的结构交给其他计算，可复制cluster_optimized.xyz，再按目标软件准备电荷、自旋、方法和输入格式；不要把带壁势参数的旧输入一并当成自由分子设置。

3. 相同坐标、相同哈密顿量核对#

资料包实际执行了四次xTB单点：每个大小分别计算生长坐标加原壁势、自由优化坐标无壁势。

生长坐标对照目录使用：

xtb input.xyz --gfn 2 --grad --json --input xcontrol

自由优化坐标对照使用：

xtb input.xyz --gfn 2 --grad --json

input.xyz由流程从对应的真实结果复制。第一条得到的电子能与qcg_energy.dat最后一行比较；第二条与cluster_optimized.xyz头部能量比较。四次均在10⁻⁶ Eh内一致，保留了原始输出和梯度。

head reference-results/post/ethanol-2-free/gradient
cat data/QCG-energy-reuse-controls.csv

4. 本次实际数据#

这里ΔE=E(团簇)−E(乙醇)−nE(水)，孤立参考取自该次流程的单体结果。图中两类结构同时改变了坐标及壁势条件，差值不能全部解释为同一势能面上的结构弛豫收益。

电子ΔE没有加入完整构象平均、溶剂热力学参考态和自由能修正，不能直接称为溶剂化自由能。本篇只演示文件、能量与结构的对应关系；增大团簇时，还需要分别考虑不同构型及溶剂数依赖。

读取自己的新结果：

bash read.sh work analysis-new
bash plot.sh analysis-new figures-new work

独立读取程序检查元素组成、坐标、原子间距和相同模型的能量对应关系，同时输出电子能、实际结构与梯度数据。