CREST规则构象生成：先得到候选几何

除MD采样外，还可以按分子连接与内部几何规则生成一批初始构象。这些候选需要进一步计算能量和优化，不能只凭“文件里有9个结构”就说有9个稳定构象。

1. 下载和实际9个候选#

下载完整输入、原生结果、独立能量梯度对照与绘图包，保存为example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-basin-rules-workflows
bash results.sh
bash read.sh
bash plot.sh

这些命令直接读取随包真实计算，不必为了看图重新搜索。CSV在data/，原生输出在reference-results/，图在figures/。分析默认使用集群ASE环境Python，可用YS_ANALYSIS_PYTHON指定含NumPy、ASE和Matplotlib的解释器。

本例9个候选包含不同内部旋转，也可能在等价原子旋转、优化或筛选后归入同一类。

2. 输入#

cat inputs/rigidconf/input.toml

input = "input.xyz"
runtype = "rigidconf"
threads = 2
[calculation]
elog = "energies.log"
optlev = "extreme"
[[calculation.level]]
method = "gfn2"
chrg = 0
uhf = 0
accuracy = 0.01

runtype="rigidconf"选择原生规则生成入口。这里先用GFN2得到参考几何，再由规则生成候选；对这些生成结果还没有逐个做量子化学单点或局部优化。

3. 提交#

本批用未经算法修改的维护者CREST3.0.3独立构建，GCC/GFortran13与Intel MKL2024.2；公共默认CREST3.0.2保持。独立能量/梯度由xTB6.7.1重新计算。不要只按新版手册假定不同安装入口完全相同。

有相同3.0.3程序时设置CREST_EXAMPLE_BIN指向它；资料包也提供复用实际构建过程的build-private.sh，默认安装到个人~/.local/ys-crest-qcg，需要外网、Git、CMake与相应编译环境。在允许编译的CPU资源中执行：

bash build-private.sh
export CREST_EXAMPLE_BIN="$HOME/.local/ys-crest-qcg/bin/crest"

之后在新解压目录通过Slurm提交整个流程：

sbatch run.slurm

脚本申请56核整节点，主CREST任务用2线程，独立xTB逐项用1线程。实际搜索、优化、MD和单点通过计算作业执行。结束后读取自己的结果：

bash read.sh work analysis-new
bash plot.sh analysis-new figures-new work

整包脚本会接着给候选做单点、优化和去重。只看生成阶段可先读随包结果：

head -n 22 reference-results/rigidconf/crest_rigidconf.xyz
cat data/CREST-generation-optimization-sort-stages.csv

4. 能量为什么全部为0#

crest_rigidconf.xyz的注释行写energy=0.0000000000，这是该生成阶段的占位值，不是算出9个构象的真实能量都相等或都为0。

要比较候选能量，继续执行实际单点；要找局部稳定构象，还应继续优化。本包两步都已完成，见候选单点、优化和筛选。

5. 看内部旋转#

head data/CREST-rule-conformer-dihedrals.csv

CSV分别给出生成、单点、优化和去重阶段的C–C–O–H二面角。该角用原子1、2、3、4定义，单位度；它方便观察OH相关旋转，不等于分子所有内部自由度。

本例生成结构的指定化学键长在约1.24×10⁻¹⁰ Å范围内保持一致，说明这些候选主要由内部旋转构造。这个数是几何生成的数值一致性，不代表量子化学结构精度。