VTST高精度CON转换与原子间距

同样写CON，不同工具保留的坐标精度可能不同。Python转换例子中的旧2con.py写6位小数；原生Perl pos2con.pl写14位坐标，可用于本篇精度更高的NH₃往返操作。

1. 下载和实际分子结构#

下载完整输入、真实原生输出和绘图包，保存为example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd vtst-periodic-perl-geometry
bash results.sh
bash read.sh
bash plot.sh

上述命令先读随包已完成的结果；原生输出在reference-results/，CSV在data/，图在figures/。默认使用集群ASE环境中的Python，其他环境可用YS_ANALYSIS_PYTHON指定含NumPy、ASE和Matplotlib的解释器。

本例NH₃在12 Å正交盒中，原子顺序为H、H、H、N。图中误差是文件格式往返误差，不表示DFT结构精度达到这些位数。

2. POSCAR转CON，再转回#

vt=/public/software/vasp/vtstscripts/1040
mkdir -p manual/con
cp inputs/NH3.vasp manual/con/POSCAR
cd manual/con
perl "$vt/pos2con.pl" POSCAR model.con
perl "$vt/pos2con.pl" model.con restored.vasp
head -n 16 model.con
head -n 12 restored.vasp
cd ../..

同一个脚本通过输入文件的.con后缀判断反向转换，第二参数指定输出名。输入注释中的元素次序要与实际类型一致；本例首行是H N，对应3H和1N。

本例CON坐标误差约1.78×10⁻¹⁵ Å，返回VASP后的最大坐标误差约4.44×10⁻¹⁵ Å，元素和晶胞保持一致。这解决了本例使用六位坐标写入器时的舍入问题，但不代表任意斜晶胞、手性或部分方向选择性约束都能无损转换；这些信息要单独比较。

3. 单个CON文件中的H–N距离#

cd manual/con
perl "$vt/distatom.pl" model.con 1 4
cd ../..

参数是从1开始的原子编号：H1与N4。原生结果为约1.016793446 Å。它不是0开始编号，也不是第1、4种元素。

4. 两个CON文件各取一个原子#

cd manual/con
cp model.con second.con
perl "$vt/distatom.pl" model.con second.con 1 4
cd ../..

这里取第一个文件的原子1和第二个文件的原子4。本例故意使用同一几何的副本，对照单文件结果一致；不把它称为另一条反应路径或不同物理状态。

cat data/VTST-Perl-CON-pair-distances.csv

两种调用都与独立坐标距离一致。本篇只使用正交盒内这一近距离原子对；若比较不同文件，应先确认它们的盒子、坐标原点、元素顺序和对应关系，不能把不同参考系中的坐标直接当成同一物理距离。

在新解压目录可用bash run.sh顺序完成本篇和周期几何的9个短条件。它们都是结构前后处理，无需启动VASP或提供POTCAR。