CREST：已有轨迹的拓扑代表帧

已经有轨迹时，可以让 CREST 读取 xtb.trj，查看它选出了哪些拓扑代表帧。本例复用一条真实 VASP LiH 短动力学轨迹的 40 个已保存结构，不重新积分动力学。

1. 下载并读取#

下载完整输入、实际输出、CSV 与画图脚本，保存为 example.zip，先读取附带结果：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-gradient-reactor-tools
module load ase/3.29.0
bash read.sh
bash plot.sh

需要重新调用 CREST 时，先在申请到的 CPU 作业环境运行 bash build-private.sh，随后回到算例目录运行 bash submit.sh。模板申请 CPU 56 核整节点，原生工具使用 1 线程。程序独立安装到 ~/.local/ys-crest-tools/bin/crest，固定 CREST 3.0.3 维护源码、GNU Fortran 与 MKL；不替换公共 crest/3.0.2。构建脚本首次需要访问源码仓库。

新计算结果在 work-new/，读取方式是 bash read.sh work-new analysis-read。以下直接调用命令均应在已分配的 CPU 作业中执行。

2. 文件怎样准备#

head -12 inputs/trajectory-fragments/xtb.trj
cat inputs/trajectory-fragments/input.xyz

xtb.trj 是连续 XYZ 帧，每帧依次包含原子数、注释行、元素和 Å 坐标。不要只把任意二进制轨迹改名为这个文件；GROMACS、LAMMPS 等轨迹需要先正确导出元素和长度单位。

本例两原子的 40 帧结构，时间间隔 0.5 fs，保存范围 0–19.5 fs；第一帧 Li–H 距离约 2.8 Å。它是一个很短的分子操作例，不代表平衡采样或材料反应统计。

3. 在作业内执行原生分析#

cd inputs/trajectory-fragments
~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz --reactor --T 1 > native.log 2>&1
grep -A 8 'Number of snapshots' native.log
grep -A 5 'Taken =' native.log

原生输出读入 40 帧，标记 第 1、22、23 帧，共 3 of 40。读取脚本把每帧时间、真实键长和是否被选中写成：

cat analysis-read/CREST-reactor-MD-topology.csv

4. 三个代表帧应该怎么解释#

这些标记表示程序拓扑筛选过程保留了三个代表，不等于发生了三次独立化学反应。Li–H 距离连续变化，邻接判据在阈值附近可能改变拓扑标签；应回看结构、实际距离、成键和后续优化，再讨论产物。

本例键长先缩短再伸长，图中的橙色空心点仅标出原生选择。若要研究真正的反应，请补充合理的电子方法、采样长度、温度与外部场设置，并对候选作进一步电子结构分析。

5. 与其他 CREST 入口如何衔接#

• 球形边界与反应器设置负责生成文本参数。
• 本篇负责分析已有轨迹；本次版本的旧反应器入口本身不能替代完整外部 MD 引擎。
• MSREACT 候选生成使用另外的结构扰动与碎片流程，其输出也不是动力学势垒。

实际原生结果保存在 reference-results/trajectory-fragments/native.log，原始 XYZ 和画图脚本均在下载包中，便于替换成自己的轨迹。