CREST：构象集合的RRHO与权重
用两个实际乙醇构象运行集合热化学，读取温度依赖权重、RRHO熵与隐藏的population文件。
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构象的电子能不同，热化学校正也可能不同。本篇用前期已经优化的两个乙醇构象，实际运行 --rrhoav，再逐个读取已生成频率，核对集合权重和熵的含义。
1. 读取和画图#
下载完整输入、实际结果与读取绘图脚本，保存为 example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-thermo-stereo
bash read.sh
bash plot.sh
使用独立 CREST 3.0.3，GNU Fortran、MKL，配套 xTB 6.7.1。首次需要个人入口时，在已分配的 CPU 作业中运行 bash build-private.sh，生成 ~/.local/ys-crest-tools/bin/crest；首次构建需访问源码仓库。已有本专题该入口即可共用。CPU 模板申请56核整节点，实际2线程。默认读取附带结果，不重新做结构优化或频率计算。
可单独下载集合热化学CSV。本例只使用这两个构象，默认各有一条记录；它不是完整构象采样，也不是水溶液平衡结果。
2. 输入集合怎样组织#
XYZ 每条记录前两行是原子数和能量注释，坐标单位Å、能量注释单位Eh。完整 ensemble.xyz 为：
9
-11.394339390000
C 1.275017410300 -0.251518361800 0.015773771200
C -0.014591644800 0.561140692600 -0.032754039100
O -1.168634877500 -0.241498240200 0.056313971900
H -1.138938161800 -0.902402507300 -0.644693440100
H -0.068364707600 1.237975652400 0.822917071300
H -0.039984687200 1.163956265200 -0.953215041500
H 2.134422495700 0.412997514000 0.006918562900
H 1.303283074900 -0.852641428100 0.921433927000
H 1.340366525600 -0.915992028700 -0.844914155800
9
-11.391867440000
C 1.259131325900 -0.289159881800 0.003706574800
C 0.003828672100 0.567424562300 -0.049206723300
O -1.120965261800 -0.282195716200 0.043434477600
H -1.923427062300 0.247643297700 0.011145545900
H 0.007557383300 1.287155786500 0.782884697800
H -0.022522752600 1.133418802400 -0.992265148600
H 2.143008554700 0.338605887600 -0.065638536000
H 1.284526388100 -0.845582665300 0.936416435500
H 1.254766926900 -0.997680708500 -0.819809118700
两条都为中性乙醇、9原子，先前已用一致方法优化并标记电子能。对自己的集合，也应先统一优化方法、原子顺序与能量口径，再排序；不要把旧方法能量和新方法频率混在一起。
3. 实际提交命令#
在分配到的 CPU 作业内，核心命令是：
~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz --rrhoav ensemble.xyz \
--noref --ptot 1 --pcap 2 --printpop --gfn2 --legacy --T 2 --keepdir
--ptot 1 与 --pcap 2 使本例两个构象都参与频率计算；--printpop 保存温度依赖权重。本篇明确采用 --legacy 的外部 xTB 路径，其内部执行 --ohess，包含重新优化和频率；不带它的库接口路径与之不是相同的执行流程。
本包已封装为：
bash submit.sh
# Slurm作业结束后
bash read.sh work-new analysis-read
bash plot.sh
输入几何若在内部重新优化时变化明显，应更新对应能量和集合，不能继续沿用旧结构的标签。本例输入本身已接近相应最低点。
4. 权重文件为什么ls看不到#
ls -a reference-results/RRHO-legacy/populations
cat reference-results/RRHO-legacy/populations/.pop_298
head -5 analysis-read/CREST-ensemble-thermo.csv
population 文件以点开头，普通 ls 会隐藏。本次298.15 K两条权重约为 0.901439、0.098561，总和为1。原生权重由各自电子能加RRHO校正后的量确定，不能仅根据初始电子能差估计。
5. 几个相邻输出列含义不同#
| 输出 | 本例中的含义 |
|---|---|
|S(T)| |
按实际构象权重平均的msRRHO熵 |
|G(T)| |
原生程序给出的平均RRHO热校正，不是完整集合自由能 |
G_lowest |
集合中较低的电子能加对应热校正 |
δSrrho |
加权msRRHO熵与参考构象熵之差 |
本次298.15 K加权msRRHO熵约 64.4218 cal/(mol·K)，δSrrho 约 0.04790 cal/(mol·K)。理想构象混合项 −RΣp ln p 是另一个量，图中单独计算，不能把 δSrrho 当成全部构象熵。
资料包的 per-conformer-thermo 只重读原有频率，不重算电子结构。用这些逐构象数据独立重建的权重与原生结果相差小于 3×10⁻⁸。
head -4 reference-results/per-conformer-thermo/1/thermo.dump
head -4 reference-results/per-conformer-thermo/2/thermo.dump
构象简并度也需要真实依据；不要通过重复复制相同XYZ记录人为增加某一构象的权重。更完整的自由能与集合说明见构象自由能字段。
参数参考：该固定版本附带的CREST命令手册。具体操作和结果见上面的实际输入。