CREST：酸碱自由能集合怎样读

自动生成的 G_acid.xyz 与 G_base.xyz 并不表示两列完全相同口径的原始能量。它们是为该酸碱经验关系准备的输入，碱侧已经包含对应校正。

1. 读取账目#

下载完整输入、实际结果和读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-formic-abprep
bash read.sh
bash plot.sh

默认读取附带结果，在 analysis-read 和 figures 生成数据与图片，不重新执行计算。

head -3 reference-results/abprep/G_acid.xyz
head -3 reference-results/abprep/G_base.xyz
cat analysis-read/CREST-formic-abprep-components.csv
cat analysis-read/CREST-formic-abprep-pKa.csv

2. 两个G文件各装了什么#

本例酸侧SPH/RRHO约 0.00743112 Eh，碱侧约 −0.00470913 Eh。溶液电子能已经包含相应溶剂模型贡献，不要再重复加一次Gsolv。

3. 不要再给G_base加一次Ecorr#

进入多项式的差值已经是：

ΔG_effective = G_base.xyz中的注释能量 - G_acid.xyz中的注释能量

此时再额外加Ecorr会重复校正。相反，把未经校正的原始两列溶液G直接送入这个口径，也不能得到同一估算。

本例独立按实际电荷、WBO与固定版本的氧酸性位点参数重建Ecorr，约 0.25046310968 Eh；独立SPH分项重建酸G与碱有效G，差分别在 4×10⁻⁹、6×10⁻⁹ Eh以内。这是文件与计算口径的一致性，不是pKa的化学精度。

4. 保留哪些文件便于以后重读#

ls reference-results/abprep
ls reference-results/independent-bhess/acid
grep -E 'TOTAL ENERGY|TOTAL FREE ENERGY|G\(RRHO\)' \
  reference-results/independent-bhess/acid/native.log

保留酸碱几何、方法/溶剂/电荷、生成的G集合和结果账目。需要换温度、溶剂、方法或分子时，重新准备一致的输入，不要复制本例Ecorr到其他体系。

多个构象还涉及采样充分性、简并度与方法一致性。本例一酸一碱的重读不能代表完成了这些工作。完整操作见甲酸自动准备流程，另一种小分子流程见乙酸pKa操作。