CREST：识别与提取配体

--exlig 可以根据输入结构的连接关系识别中心原子周围的配体。本篇使用自建的近似平面Ni(NH₃)₄几何模型，演示拆分坐标；不涉及电子态、能量、配位稳定性或结构优化。

1. 查看四个实际提取结果#

下载完整输入、实际结果与读取绘图脚本，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-ligand-tools
bash read.sh
bash plot.sh

这两步读取附带的实际结果，生成 analysis-read 数据与 figures 图片；不会重新计算。要换成自己的输入，请先阅读下面的流程。

原输入17原子，输出4份NH₃，每份4原子。全部16个非金属原子恰好各出现一次，坐标保持原值。原子编号对照见配体编号CSV。

2. 准备输入#

完整示例中Ni为第1个原子：

17
Own approximate Ni(NH3)4 geometry for connectivity operations only
Ni 0.000000000000 0.000000000000 0.000000000000
N 2.000000000000 0.000000000000 0.000000000000
H 2.343333333333 0.000000000000 0.971093312830
H 2.343333333333 -0.840991478356 -0.485546656415
H 2.343333333333 0.840991478356 -0.485546656415
N 0.000000000000 2.000000000000 0.000000000000
H 0.000000000000 2.343333333333 0.971093312830
H 0.840991478356 2.343333333333 -0.485546656415
H -0.840991478356 2.343333333333 -0.485546656415
N -2.000000000000 0.000000000000 0.000000000000
H -2.343333333333 0.000000000000 0.971093312830
H -2.343333333333 0.840991478356 -0.485546656415
H -2.343333333333 -0.840991478356 -0.485546656415
N 0.000000000000 -2.000000000000 0.000000000000
H 0.000000000000 -2.343333333333 0.971093312830
H -0.840991478356 -2.343333333333 -0.485546656415
H 0.840991478356 -2.343333333333 -0.485546656415

这里中心编号为1，不是元素序号或配位数。对自己的结构，先查看文件中的原子顺序，再确认中心原子编号。

3. 提取配体#

本例使用独立 CREST 3.0.3，GNU Fortran与MKL编译，配套xTB 6.7.1。首次需要个人入口时，在已分配CPU作业中运行 bash build-private.sh，生成 ~/.local/ys-crest-tools/bin/crest。已有本专题该入口可以共用。CPU模板申请56核，程序实际2线程。

在已分配的CPU作业中，核心命令是：

~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz \
  --exlig chloride.xyz 1 0 --T 1
ls ligand-*.xyz
cat ligand-1.xyz

最后的 1 0 表示中心原子为1、暂不选择要替换的配体。此时程序只提取并列出配体，chloride.xyz 在该模式下不会用于替换，但参数位置仍需提供；示例包已经放好。

配体文件中第一个原子是与中心相连的配位原子。本次 ligand-1.xyz 到 ligand-4.xyz 均以N开头。配体编号来自程序的连接遍历顺序，不一定与用户肉眼观察的上下左右一致。

4. 批量脚本与检查#

bash submit.sh
# 作业结束后
bash read.sh work-new analysis-read
bash plot.sh

包内会分别演示提取和替换。对金属有机、桥联或多齿配体体系，必须另行检查自动识别结果，不能仅凭输出文件数判断配位方式。简单替换例子见单个配体替换。