CREST：区分构造几何与采样能量

几何文件可以是计算结果，也可以只是供下一步使用的结构。--alkylize 默认捷径就是需要分清的情况：本例输出了合理的线性正庚烷，但第二行的0不是物理能量。

1. 查看真实文件与数据#

下载完整输入、实际原生输出与读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-alkyl-shortcut
bash read.sh
bash plot.sh

默认读取附带结果，数据在 analysis-read，图片在 figures，不会重新计算。

2. 识别零占位#

head -5 reference-results/shortcut/crest_conformers.xyz

原生文件开头包含：

23
energy= 0.00000000000

这次日志同时说明跳过采样、写出线性结构。因此不能把0 Eh与其他已计算构象的负能量直接排序，也不能因为文件名有 conformers 就认定它是优化后的集合。

3. 对这份几何计算能量#

提取该记录，在独立目录做GFN-FF单点：

module load xtb/6.7.1
xtb input.xyz --gfnff --chrg 0 --sp --parallel 2

本次线性构造几何的独立单点能约为 −3.29078246828 Eh。它是这份几何上的单点结果，仍不代表该几何经过优化或频率检查。

读取脚本会额外输出带真实单点标签的副本：

head -5 analysis-read/linear-geometry-with-SP-energy.xyz

副本注释明确写出 single-point energy ... not optimized，原生零标签文件保留。

4. 对full采样输出做相同检查#

本次 full 路径的原生能约 −3.29018654 Eh，与相同几何的独立单点最大差约 2.16×10⁻⁸ Eh。两种模式的结构不同，不要把能量差解释成同一结构上的程序误差。

cat analysis-read/CREST-alkyl-shortcut-vs-full.csv

下载完整CSV。对于自己的分子，先按任务需要选择几何构造、构象搜索或再优化，然后在同一种方法和相同电荷、自旋设置下比较能量。

5. 推荐文件顺序#

先保留原始输入和日志；判断本次是否真的采样或优化；对需要比较的结构给出匹配方法单点，或进一步优化；最后再去重和整理能量。不要用占位值填补缺少的计算结果。